1937年12月13日，时为国民政府首都的南京城沦陷，部分官员弃城逃亡，但仍有许多官兵留守，誓死保卫这个大厦将倾的城池。宋希濂部军官陆剑雄（刘烨 饰）协同战友与日军展开了激烈的巷战，他们微弱而顽强的抵抗最终被压制，数以万计的中国军民成为俘虏，在枪炮声中血染长江。在抵抗最终失败之后，数十万中国军民遭到残忍杀戮，南京全城沦为一片死地。唯一尚有生机存留的，就是位于金陵女子学院的“安全区"。大量的难民涌到这里寻求救助。南京安全区国际委员会主席拉贝、归国女教师姜淑云（高圆圆 饰）、金陵女子学院魏特琳女士，积极营救中国难民，用他们的勇敢和坚毅与日本人周旋，但兽性大发的日军早已虎视眈眈盯上了藏身于此的中国妇女…… 于是，有如舞女小江（江一燕 饰），虽然生存在社会的最底层，但在国家危难的时刻，为了拯救其他妇女，她坚定地站了出来…… 于是，有如唐先生（范伟 饰）这样懦弱的知识分子，对凶暴的日军小心应付，委曲求全，为了保护家人而出卖同胞，却难掩良心的诘问，最终选择把生的希望留给别人…… 于是，有如日兵角川（中泉英雄 饰），在这场战争中，作为占领者，日军的攻城，日军的杀戮，让他从一个士兵变成一个麻木的机器，他活在空虚和罪恶之中。最后，他在痛苦的折磨中把枪口对准了自己…… 《南京！南京！》，不是一部传统意义上的中国屈辱史和日本罪恶史，它开启了一个新的视角，告诉人们——南京，是一座抵抗之城。不论是军官陆剑雄、归国女教师姜淑云、还是舞女小江、拉贝秘书唐先生，都在用自己的方式作着抵抗，正如70多年前，我们的先烈，用他们的血肉之躯在这座死亡之城浴血奋战着。这，是一部中国人拯救中国人的历史。同时，面对日本兵角川的命运，影片似乎也发出了这样震慑心灵的问题：战争，究竟给人们带来什么呢。
