东京的爱丽丝学园（国立爱丽丝研究机关学园本部）是一所特别的学校，只招收具有特殊能力“爱丽丝”的人，一旦入学就要等到毕业才可以离开学校。佐仓蜜柑与今井萤本来住在乡村地方，两人是同学也是好朋友。某天萤突然转学至东京的爱丽丝学园。而想念萤的蜜柑，离家出走到了东京，终于找到萤的新学校。然而蜜柑却被发现也有爱丽丝，并通过了入学考试并确认自己拥有无效化爱丽丝，正式成为该校学生，在那里开始新的校园生活。
爱丽丝学园设有初等部（三岁至八岁在A班，九岁至十二岁在B班）、中等部及高等部（高中和大学两年），校园占地极之广阔，范围大部份是森林，除了校舍和宿舍外，校园中心有商店市镇。为了防止学生逃出学校，校方以电网包围整个校园，触碰到电网的人会受到电击且即时被发现。若学生取得优等生奖，可以获准回家一星期。
这所特别学校有一些不为人知的黑暗面，有些学生感觉被学校利用，于是反对这所学校，成立及加入了一个神秘组织“Zero”（简称“Z”）与爱丽丝学园对抗。I