游戏中副本共分为三大类，分别为：普通副本、精英副本、活动副本。
　　普通副本
　　最为常见、且基本的的挑战副本玩法，挑战胜利后，玩家将获得相应的物品和银两奖励，，如果运气好，还可以爆到本体卡（主角紫卡副本爆的是蓝卡，碎片暂时还没有），每次挑战都将消耗玩家6点体力，但若是挑战失败则不会损失体力，普通副本没有挑战的次数限制，可以无限次的刷紫卡。
　　精英副本
　　当剧情副本通关后，即可开启相应的精英副本，精英副本难度增加，但是，若是胜利，玩家得到的奖励也是相当丰富的，此外，本体卡牌爆率比普通副本要高。但每次挑战所消耗的体力翻倍，为11点。
　　活动副本
　　天天萌三国每天都会开放不同的活动副本，每个活动副本都会爆出不同卡牌，有经验副本（朱雀），铜币副本（青龙），主角卡牌副本（三国名将与各国名将）
朱雀副本：
朱雀副本按难度可分为普通（15体）、精英（30体）、英雄（50体），朱雀副本只受物理攻击（剑卫，铁骑，神羽，狂战）而对魔法攻击免疫，普通副本只爆蓝色朱雀，相对较差，精英副本总共有3只紫朱雀，并且最后boss紫鸟必爆，个人认为相对最值得，而英雄副本总共有5只朱雀，也是最后boss必爆，缺经验的可以精英和英雄一起打。
青龙副本按难度可分为普通（10体）、精英（15体）、英雄（20体），青龙副本只受魔法攻击（阴阳师，妖术师和豪杰）而对物理攻击免疫，爆卡应该和朱雀差不多，铜币的主要来源。
三国名将副本可分为两类：
1）三国名将：此副本每次挑战消耗10点体力，爆出的是灰卡，并且所有主角卡牌都有可能出现。
2）各国名将（魏、蜀、吴）：此副本每次挑战消耗30点体力，爆出的是绿卡，各国副本只会出现各国的主角武将。