蓝莓在新种植区很少见病害，而虫害的种类较多，但在国内种植未见有大量报道。随着栽培规模的扩大，栽培时间的增长，病虫害防治将成为蓝莓生产管理中的重要内容。
蓝莓常见的病害主要有白粉病、霜霉病、僵果病、茎杆腐烂病。蓝莓病害要综合多因素进行诊断，避免误诊。如蓝莓树体缺素（缺铁、钾、镁等微量元素）而导致叶片变色仅是一种营养缺素症，并不是病害。蓝莓不同种类和品种对病害的抗性有明显差异。高丛蓝莓的抗性明显低于兔眼蓝莓。蓝莓的各种病害均可在生产管理季节用硫剂或多菌灵等杀菌剂进行防治。
蓝莓园常见虫害主要有蚜虫、螨类、果蝇、毒蛾、刺蛾、大蚕蛾、金龟子、天牛、蝽象、枝梢食心虫等为害叶、果、枝干和根。其中对蚜虫、毒蛾、刺蛾、大蚕蛾等叶部虫害，用杀虫剂均可防治，也可在夜晚实施灯光诱杀成虫；对天牛、食心虫等枝干虫害，可用杀虫剂喷杀幼虫；对果蝇等果实害虫及部分天牛可在5—7月用糖醋液诱杀成虫，特别是4月下旬开始诱杀第1、2代成虫，是对7—8月果实成熟盛期减少危害非常关键的防治措施，而且效果明显。