明崇祯六年（1633）始设镇平县。1914年更名蕉岭县，因县北有蕉岭而得名。1952年曾与平远合并，称蕉平县，1954年撤蕉平县，复分平远、蕉岭县，1958年曾与梅县合并，称梅县，1961年析复设蕉岭县。
1996年，蕉岭县面积957.1平方千米，人口21.9万人。辖12个镇：蕉城镇、兴福镇、新铺镇、高思镇、长潭镇、三圳镇、文福镇、广福镇、徐溪镇、蓝坊镇、南磜镇、北磜镇。县政府驻蕉城镇。
2000年第五次人口普查，蕉岭县总人口203173人，其中：蕉城镇51803人，兴福镇27068人，长潭镇7663人，三圳镇14402人，新铺镇30419人，徐溪镇5875人，文福镇17443人，广福镇13582人，蓝坊镇9261人，高思镇5164人，南磜镇6366人，北磜镇7066人，华侨农场7061人。
2002年，蕉岭县辖蕉城、广福、文福、新铺、三圳、北石、南石、蓝坊、高思、兴福、徐溪、长潭12个镇，共有97个村委会、8个居委会。
2003年5月，蕉岭县面积975.1平方千米，人口22.53万人。辖兴福、长潭、蓝坊、南磜、北磜、蕉城、广福、三圳、文福、新铺10个镇，共有9个居委会、97个村委会，1514个村民小组。
2004年10月，蕉岭县撤销兴福、北磜2个镇：兴福镇河东片的东山、湖谷、龙安、叟乐、高畲5个村委会并入蕉城镇，兴福镇河西片的堑垣、浒竹、上村、神岗4个村委会并入长潭镇；北磜镇并入南磜镇。
2009年末，蕉岭县面积958.98平方千米，辖蕉城、广福、文福、新铺、三圳、南磜、蓝坊、长潭8个镇，共有10个居委会、97个行政村。县政府驻蕉城镇。