乌菲兹美术馆收藏的另一幅列奥纳多的作品是未完成的《三王来朝》(Adoration of the Magi)。在列奥纳多的一生中,他有多幅未完成的作品,也有无数放人鸽子的订单。列奥纳多显然不是一个可以静下心来工作的人,他追求享乐,喜好庞杂,因为同性恋入狱,不像波提切利和后来的米开朗琪罗有稳定的资助人(美第奇家族),离开韦罗基奥作坊之后,列奥纳多的收入变得极其不稳定。同时,他还需要养活自己和新收的学徒,支付他们高昂的服装花费。(有记录表明,年轻的列奥纳多体态匀称,俊美无比,穿着花哨耀眼,嗜好炫耀,追求时尚) 于是,1482年,在这幅伟大的作品刚刚打好草稿之后,列奥纳多突然觉得自己在佛罗伦萨没的混了,于是写了封自荐信给米兰公爵。之后他去了米兰,一走十七年。 就是在米兰,他完成了那幅在《达芬奇密码》中被鼓吹的作品《最后的晚餐》(The Last Supper)。这幅画现在仍然在米兰,悬挂在感恩圣母修道院(Santa Maria delle Grazie)的食堂里。后来拿破仑占领米兰的时候,这里曾被改作马厩。 也是在米兰,列奥纳多收下了他最为钟爱的学徒“萨莱”。之后,这个有着一头小鬈发、调皮捣蛋的漂亮男孩陪伴了列奥纳多的一生。
经过一段漂泊的日子之后,年近50的列奥纳多再次回到了他的故乡佛罗伦萨。他在维吉奥宫(Palazzo Vecchio)附近的地方租下了一间工作室,就在那个二层的房间里,接下来的四年,他画出了艺术史上最神秘的作品《蒙娜丽莎》。丽莎的真实身份扑朔迷离,几个世纪以来,艺术史学家和小说家们对此进行了无数的推测和大胆的假设,小说《蒙娜丽莎的微笑》中更是把她掰成了列奥纳多的私生女。但是列奥纳多的性取向似乎早有定论,根据尼科尔(Charles Nicholl)的《达芬奇传》,列奥纳多直到57岁才和一个作为模特的妓女发生关系,是这名幸运的妓女有益地“使列奥纳多的生命从此变得完整。” 列奥纳多的晚年生活在法国。 1516年他受到了年轻的法国国王弗朗西斯一世的赏识,邀请他住到富丽堂皇的克卢克斯宫。据说弗朗西斯在宫中造了一条秘道,以便他随时可以来找列奥纳多讨论艺术与哲学。三年之后,67岁的列奥纳多在这里与世长辞。根据唯一的信息——瓦萨里的说法,他死在了弗朗西斯的怀里。这副感人的场景后来被描绘在安格尔(Ingres)的画中——《列奥纳多•达•芬奇之死》(La mort de Leonardo da Vinci, 1818)。