1583-1587年，科尔沁翁阿岱等攻打了女真的哈达部。
1593年，为灭女真，嫩科尔沁右翼翁阿岱、左翼芒古斯、明安等科尔沁王和一些反建洲的女真人组成联军向奴尔哈赤发动了历史上著名的九部联军之战，在和建洲女真的第一回正面交锋里，蒙古人就以惨败而告终。此役以后彻底改变了双方的力量对比，建州借此开始收复大量其他女真部落，而蒙古人也就在无狭余时间和精力来限制女真人的崛起了。
1594年，内喀尔喀部落老萨同科尔沁明安遣使通聘奴尔哈赤。（内喀尔喀是继嫩科尔沁以后又一大与爱新国建立联盟的蒙古政治集团。）
1597年，奴尔哈赤以被科尔沁侮辱为名，派大将穆哈连征讨科尔沁，结果穆哈连兵败被俘。——《清太祖高皇帝实录》卷二。
1604年，年少的林丹汗继承蒙古大汗位，称呼图克图汗。
1605年，内喀尔喀巴约特部恩格德尔台吉与爱新国建立了贸易关系。
1606年，还是此人引领内喀尔喀五部使者到建洲女真引驼马，并给奴尔哈赤授汗号，对建州在女真各部里的主导地位予以肯定，奴尔哈赤摇身一变成了名义上的女真王。在游牧部落之间当一个新兴部落达到一定实力时，传统强部处于外交考虑会承认其新的政治地位，付之行动的话，一般来说就是授予汗（王）号，这个汗用老蒙文写为ha+n（王），而不是ha+ga+n（皇），而且内喀尔喀授诺尔哈赤汗号，并不是说两人为臣仆关系，而仅仅是前者对后者的地位表示认同罢了。

1608年，奴尔哈赤长子率军攻打乌拉部，由于乌拉部紧挨嫩科尔沁，所以奥巴随其父翁阿岱打败了来犯的建州军队。不久叶赫部又告急，随即嫩科尔沁部派兵出击，不但大败建州女真，并且杀死了奴尔哈赤的虎将布杨古。嫩科尔沁左翼明安趁机携三子深入建州境内，并大掠建州部牲畜民众。《皇清开过方略》卷12。
1612年，奴尔哈赤与科尔沁的明安连姻，这也是女真分化嫩科尔沁诸部之始。
1614年，内喀尔喀扎鲁特贝勒钟嫩以女妻诺尔哈赤子大贝勒代善，不久内齐汗以妹妻女真芒古尔泰贝勒。
1616年，奴尔哈赤建立爱新国（AISIN GURUN，满语，意为“金国”，为了区别历史上的女真金朝，也称后金）。
1619年，后金取得击败明军的萨尔浒大捷。
1619年，后金攻占开原后，继尔又攻下铁岭，但此两城是东蒙古与明朝进行贸易的互市。后金此举必然遭东蒙各部的报复，随后科尔沁与内喀尔喀的弘吉拉特和扎鲁特组成联军，攻打了由女真人控制的铁岭，结果联军不但惨败，还被爱新国俘虏了众多东蒙首领。此役在历史上的影响极其重大。最重要的是爱新国在此役俘虏了内喀尔喀的宰塞，并把此人扣为了人质，以此来威胁诱惑内喀尔喀诸部就范，并趁机离间其与林丹汗的关系。但内喀尔喀并没有束手就擒，以乌济叶特为首的内喀尔喀诸部趁奴尔哈赤攻打辽阳之际，为救宰塞攻打了沈阳城，未果后才以一万牲畜的代价（当时可是一笔不小的财富）换回了宰塞。总之通过此役奴尔哈赤彻底改变了双方的实力对比，从此女真作为一个强大的整体已经可以左右东蒙局势了。
1619年8月，趁后金灭叶赫部之际明安三子又掠夺了后金俘虏的牲畜。

1619年11月1日，女真以俘虏的科尔沁和内喀尔喀诸台吉为筹码，邀请战败的东盟各部在噶尔察莫冈干塞忒勒黑和女真举行会盟。此次会盟以后正式确立了后金与东蒙各部（科尔沁、内喀尔喀等）对明朝的攻守同盟关系，在某种意义上来说，这对日后形成反察哈尔联盟也其定了一定的基奠作用。除此以外此次会盟最引人瞩目的事件就自科尔沁迁入嫩江流域后，第一次和女真诸部签署了“停战书”。
1621年，后金和其蒙古联军攻陷了辽阳、沈阳，此役不但取得了影响深远的胜利，而且也暂时稳固了爱、科、哈三部的联盟关系。经此役，后金正式成为了能抗衡明朝、威胁蒙古大汗本部的新兴力量。
1621年，察哈尔本部出现裂痕，本属察哈尔八大部里的兀鲁特部达尔汉巴图鲁台吉以及明安（并非科尔沁的明安，而是察哈尔无路台吉之后）等十名台吉因对林丹汗的高压统治表示不满，率领所属部投奔女真，成为了第一个正式投靠满清的蒙古部落。
1622年-23年，间在内喀尔喀做间谍的伊沙木等人多次通报奴尔哈赤，内喀尔喀将与察哈尔联合征伐嫩科尔沁。接到情报的奴尔哈赤利用这个机会，不但向奥巴、明安等人警告了这个危机，并且致书建议和其一同组成反察哈尔联盟。与此同时卓里克图洪巴图鲁多次劝阻林丹汗，希望其放弃攻打嫩科尔沁。
1623年，由于扎鲁特台吉昂安夺走了女真使臣的财物，奴尔哈赤派阿巴泰、德格类深入蒙境攻打昂安所部，结果昂安被杀，部众被俘。作为内喀尔喀五部名义上的首领，年事已高的卓里克图洪巴图鲁不忍看到后金对东蒙如此疯狂的扩张渗透，向林丹汗提议趁秋季马肥兵壮，合兵和女真死磕到底。可这时林丹汗并没有选择攻击女真，而是甩掉了同情奥巴的卓里克图洪巴图鲁，声东击西，以假装攻击女真的姿态向前推进，等接近奥巴驻地以后又按原计划突然折兵向北，率少数精锐部队偷袭了奥巴驻地。由于奥巴早就做好了准备，所以林丹汗在偷袭未果后就撤退了。总之林丹汗这种为渊驱鱼的做法，至此开始逐个把东蒙古各部推向了自己的对立面，更给了女真人向东蒙各部渗透和控制的可能。

（此处插奴尔哈赤从宁远抢粮成功撤军之后，放弃北上追击林丹汗，转而偷袭盟友的资料一则）
卓里克图洪巴图鲁与后金人的盟誓传进了林丹汗的耳中。
林丹汗十分不爽。他语气硬邦邦地指责监督大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉：卓里克图洪巴图鲁瞒着我与后金人大搞暧昧关系，他不晓得后金人是我们蒙古人的头号敌人吗？卓里克图洪巴图鲁与你同属于内喀尔喀乌齐叶特部，他老糊涂了，你不糊涂，这事难道你会没有听到一点的风声？
这个时候，林丹汗正在考虑一个清理不可靠的左翼蒙古人的计划。林丹汗的弦外之音引起了锡尔呼纳克杜棱洪的恐惧。锡尔呼纳克杜棱洪台吉领着他的部民，投进了努尔哈赤的辽阳城。
这是内喀尔喀五部中的一次重大分裂。此后，内喀尔喀五部中，不断有人投奔管吃饱饭的后金国。
北元与后金间的战争不久，卓里克图洪巴图鲁自己的麻烦事便来了。 努尔哈赤再次向内喀尔喀联盟派出使者，要求老卓里克图洪巴图鲁做自己的马仔。卓里克图洪巴图鲁在草原上也是一个成名的人物，他当然不能答应。 努尔哈赤就将锋寒的利剑拔出，向老卓里克图洪巴图鲁下战书。卓里克图洪巴图鲁惊恐了，他急忙向林丹汗发出了紧急求援的信号。
而林丹汗坚决不救。
如此，1626年4月，卓里克图洪巴图鲁领着部众，与努尔哈赤的后金八旗主力，在朝阳霁色的西拉木伦河畔进行了最后一战。 卓里克图洪巴图鲁的部众死伤遍地。卓里克图洪巴图鲁抱首鼠窜而去。
林丹汗也趁着卓里克图洪巴图鲁的穷途末路，很干脆地兼并了他的部落。 在努尔哈赤与林丹汗的双层打击之下，昔日体态丰满的内喀尔喀五部竟然像夏天清晨草叶上的露珠，日出之际，即像一阵轻烟的消散了。

1627年（下半年），因奈曼、敖汉两大部的叛敌，形势迫使林丹汗只好率主力鄂脱克西迁。在西迁过程当中，苏尼特、乌朱穆沁、部分浩奇特等部又因不满林丹汗，越过翰海投奔了外喀尔喀的塞奥奇尔台吉。而察哈尔八大营里的阿喇克绰特部也与大汗本部不合，并未选择随和其一同西迁，而是选择了驻留在旧牧地观望。至此，察哈尔八大部（浩齐特、苏尼特、乌珠幕沁、克什克腾、阿喇克绰特、兀鲁特、傲汉、奈曼）里的兀鲁特、傲汉、奈曼三大部投奔后金，而阿喇克绰特部不听调遣，苏尼特、乌珠幕沁、甚至部分浩齐特属部（浩齐特，是8大部里最强大的一部―大汗本部，蒙名：HUUCHID）投靠了喀尔喀右翼。至此作为大汗本部的察哈尔万户未战即败，其实力一落千丈，从此陷入被动挨打的局面。
1627年9月，原属察哈尔万户的奈曼部奥齐尔台吉出征林丹汗。
1627年，林丹汗在西迁期间突袭了对大汗本部毫无设防的喀喇沁部（西喀喇沁），致使其部涣散，被俘上万人口。其残部随土莫特万户首领博什克图汗暂时退居河套地区，部众藏匿山野。年底喀喇沁部伙同其他右翼万户发起了对察哈尔部的反击，一度收回了库库和屯，但很快又被林丹汗击溃。林丹汗以所剩无几的力量和强大的右翼三大万户进行了惨烈的火并。与此同时，后金则众坐山观虎，看着自己最大的敌人和他最大的潜在敌人之间残杀，兵不血刃的解决了他的两大心腹巨患。
1628年，在看到林丹汗和右翼万户之间的斗争以林丹汗的胜出而告终后。为了不给林丹汗喘息的机会，后金随即西进，并灭掉了原属察哈尔万户八大部之一的阿喇克绰特部，但由于西进时，科尔沁并未参与攻打阿喇克绰特部，而是选择了半路撤退，于是后金也未能在扩大战争的范围，此时喀拉沁万户已经在林丹汗凌厉的攻击下，陷入了非常危险的境界，并遣使加入了后金的反察联盟。而西土莫特残部直到1629年才归附爱新国（由于距离较远些），从此以后右翼喀拉沁万户实际上也失去了犭虫立自主的地位，成为了爱新国的附庸。

先说时局，在达延汗以后，由于蒙古大部都被平分给了众多皇子，使得已经统一的蒙古部落又陷入了新一轮割据分权。达延汗死后乌梁海万户反叛，在镇压完强大的乌梁海万户以后，左翼三万户的实力大为削弱，虽然喀尔喀和察哈尔瓜分了乌梁海万户的大部，并把喀尔喀一分为二用外喀尔喀填补乌粱海留下的空缺，但左右两翼的实力已经严重失衡。随后实力强健的右翼万户在阿拉坦汗的领导下东征西伐，继续扩充自己的实力。所以不论在博迪汗时期还是在库登汗时期，察哈尔作为左翼第一万户、蒙古汗廷所在却一直谦让于右翼各万户。以至在库登汗时期被逼无奈，只好带着内喀尔喀和大部科尔沁（以后的嫩科尔沁）等亲信部落，东退到原属三卫辖区的东蒙地界。
虽然如此，随着时间的推移右翼万户的实力也有削弱。右翼三万户在阿拉坦汗死后，陷入了钟金皇后的政治恐怖当中，人心早已涣散。何况前后几次讨伐卫拉特使得右翼诸万户损失不小。尤其鄂尔多斯万户在几次远征哈萨克未果后，实力一落千丈。与此同时外喀尔喀不但继续着和世仇卫拉特的战争，还陷入了左右两翼的争斗。同时西蒙古劲旅和硕特部为了避免和绰罗斯系决裂，开始准备南下加入茜臧的教派战争。而在其东边，自库登汗以来，避居东蒙的蒙古大汗一直和内喀尔喀、嫩科尔沁等心腹部落保持着非常友好的关系。一些学者认为，在翁阿岱死后，奥巴就开始主动疏远林丹汗，好为自己谋求更大的利益。但史料显示，在林丹汗偷袭他以前，他一直都在极力讨好林丹汗。在记录奥巴与林丹汗的关系时，满文老档意味深长的提到过三件“小事”。第一件事，奥巴有一匹无比骏亮的坐骑，在一个偶然的机会上被诺尔哈赤看到，诺尔哈赤非常喜爱那匹马，随即想用重金购买，但就在第二天，为了表达自己的忠心，奥巴就当着女真使臣的面把此马献给了林丹汗。第二件事，奥巴有一个容貌极其美丽的女儿，众多蒙古部落首领过来提亲都未曾同意，诺尔哈赤也对其充满了迷恋，希望奥巴能把女儿嫁给他，结果奥巴非但未允，还羞辱了前来的使者。第三件事，诺尔哈赤为拉拢奥巴，不计前嫌把自己的掌上明珠许配给了奥巴，但奥巴非但不对格格示好，反倒经常打骂虐待她。可以从这些事情看出起码女真人对奥巴是有怨言的。
其实就时局而言，当时的大环境是对林丹汗是非常有利的。首先女真诸部在当时还并没有完成统一，而且因为地理上的关系，诺尔哈赤所统领的建州部落一直被辽东的明朝军队所牵制，根本不能腾出手来直接与蒙古为敌。相反当时的嫩科尔沁王在九翼之战前，还曾数次战胜建州女真，并间接的控制了很多女真部落。而且在在林丹汗执政早期，嫩科尔沁、阿鲁诸部、内喀尔喀、甚至部分鄂尔多斯、和外喀尔喀贵族都是定期前往察罕浩特觐见林丹汗的。嫩科尔沁在翁阿岱时期、奥巴早期，内喀尔喀盟主卓里克图洪巴图鲁、阿鲁部的诸阿巴嘎王、外喀尔喀的车臣汗都在一段时间里和林丹汗都保持着非常亲密的关系。试想如果当时林丹汗利用这些近枝组成联军，先灭素来和科尔沁和内喀尔喀有矛盾的区区几万女真人，在灭右翼旁系皇室，进而收复卫拉特蒙古，以当时林丹汗的实力来看并不是一个很难做到的事情。何况作为全蒙古实力最强悍的察哈尔万户的统领、名正言顺的蒙古大汗，本是其大显身手、统一全蒙的最好时机，但无奈蒙古人命苦，摊上了这么一个有勇无谋的莽夫。

就这样虽然时局对林丹汗有利，但在整个布局上他却完全走错了棋。首先它不但不应该攻击内喀尔喀和嫩科尔沁，何况对大汗地位真正有威胁的是女真、明朝等外敌和其他嫡系皇室。他不但不应该与此两部为敌，还应该利用这两个一直忠于蒙古汗廷的部落，去讨伐女真和其他旁系皇室。但事与愿违，嫩科尔沁和内喀尔喀本是和女真诸部有着深仇大恨。从九部联军在到科尔沁-内喀尔喀联军，此两部数次纠集军队力图扼杀掉羽翼还未能丰满的建州女真时，作为一个驻牧于当时东蒙的蒙古实力第一强部，林丹汗居然在自家门口毫无动作，从未支持过嫩、喀两部一兵一卒，错失了历史上的多次良机。而且当察哈尔八大部之一的兀鲁特叛逃于爱新国之后，林丹汗并未果断出击爱新国，而是默认了此事。这使得本来就因推崇红教而名誉败坏的林丹汗彻底脸面扫地，其后非但没有报复女真的越界行为，而是莫名其妙的攻击了历来和大汗本部不和的嫩科尔沁。当然如果诺尔哈赤没有事先提醒嫩科尔沁，也许林丹汗就会吃掉实力强大的嫩科尔沁，进而进一步加强自己的实力。但问题就在于这是一个成功则已、失败成仁的行动，既然兵都去了，那就应该一直打下来才对，可他最后不知是心虚还是因为什么，却选择了退兵，逼得自己最为重要的盟友成为了自己的对立面。不是我说，和努尔哈赤高超老辣的政治手腕相比，林丹汗简直就像一个政治白痴。而且不久之后当爱新国开始把触手伸向内喀尔喀之时，如果前几次嫩、喀两部对诺尔哈赤用兵败北时，他仅仅还是过于自信、判断错误的话，那这一次他的行为，彻底像世人崭露了他真正的本意，他居然趁火打劫和自己最大的敌人-异族女真人一同灭掉了内喀尔喀大部。
在这次瓜分战当中，他本来和爱新国再次拥兵相持，可他却又选择了退却。难道唇亡齿寒这个道理他不明白吗。事到如此，做为最挺大汗本部的内喀尔喀和嫩科尔沁都先后遭到了林丹汗的攻击。就连察哈尔八大部里的兀鲁特、傲汉、奈曼、苏尼特、乌朱幕沁、甚至部分浩齐特属部都弃他而去，这些本是大汗最为亲近的部众，先后都无奈选择了离开。再看林丹汗对嫩科尔沁的偷袭，以及对内喀尔喀的落井下石等小人行径，哪有点蒙古大汗的样子，大家可以从这一系列的事件里看出，林丹汗只是一个极其缺乏政治手腕、性格莽撞残忍的人。
在说布局，其实当敖汉、奈曼两部叛走之时，林丹汗本来可以往走北上的。说到这，以前就有人说过，当时在外喀尔喀东北部是车臣汗的地盘。孰不知外喀尔喀的塞奥齐尔台吉，正是成功把乌珠穆沁、苏尼特、浩奇特等部离间到他的帐下后，才使得他的实力大振，之后才被这些部落拥为车臣汗的。何况当时的塞奥齐尔台吉作为林丹汗的妹夫，一直想把自己那摊做强做大，甚至他不顾其他喀尔喀部的反对，多次邀请林丹汗进入由他控制的人口稀少的克尔伦中上游地区。但可惜的是当得知林丹汗要西迁而不是北上之后，他才翻了脸硬是给林丹汗的背后来了一刀。咱们假设如果林丹汗当时选择北上，那他就不是侵略，而是名正言顺的受邀而去，这样其他蒙古部落多少也会减少对他的误解。最关键的是如果他这么做了，起码也不至于让乌、苏、浩三部脱离自己的控制。即使当时他的名声并不好，但蒙古各部考虑到女真这个外族的威胁，也肯定会支持林丹汗的。如果他真的能和居住在额嫩—呼伦贝尔一带的阿鲁诸部以及生活在杭盖岭一带的外喀尔喀修成兼顾的联盟关系的话。那以大戈壁、东部无水草原为天然屏障，以逸待劳，也是很容易守住自己的余下的那点老底的。而且一旦察哈尔北上，那爱新国肯定会和右翼三万户直接接壤，之后拥有惊人人口的右翼三万户，肯定不会让爱新国好过的。倒时察哈尔和阿鲁、喀尔喀、土默特、喀喇沁、鄂尔多斯等蒙古大部同仇敌忾，相比爱新国之后也很难会有什么作为的。就算满清能保持长盛，咱们就已满清大概50年才能拿下一个蒙古大部的速度来算，就是耗到清末蒙古诸部也不会全部灭亡的。而且只要携有大元玉玺的察哈尔不被爱新国吃掉，爱新国就不可能让所有的蒙古部落都甘心降于他的门下，至多维持联盟的存在而已。何况察哈尔在漠北的话，北接西伯利亚，即使被败在逃，也不至于像去茜臧那样水土不服而病死啊。

当然就像你我所知的那样，这一切都没有发生，林丹汗在没有灭掉女真的情况下，因贪图明朝的赏赐等多种原因的促使下（后来和明朝翻脸，进行毫无意义的消耗战就是后话了），最终选择了实力强健的右翼三万户为敌。相信很多人都有这样的疑问，为什么他能在拥有少量残部的情况下，能和三个大的万户同时宣战，却不能在察哈尔部还算完整之时不可和实力比右翼三万户弱小的多的反察联盟做战呢？我想也可能是人被逼到绝路，自然会有很强的爆发力吧，想想当时林丹汗在众叛亲离的境况下，估计也就只能做出偷袭右翼喀喇沁万户的事情了。还好当时他赢了，虽然被他俘虏的一万多人也不算太多，但对察哈尔来说多多少少也算是补充了一些实力吧。当然这完全没有战略头脑的行为，的确给他带来了更多的麻烦。要知道偷袭喀喇沁就等于向包括土默特、鄂尔多斯在内的其他右翼万户宣战。虽然右翼三万户后来联合明朝的行为也不太地道，但毕竟也是被逼上了绝路没有办法（当然林丹汗一开始联合明朝也不地道）。其实林丹汗在攻打右翼和明朝的时候，不知是他本人还是他手下的四大宰桑，在这些战争当中由他率领的察哈尔军体现出了惊人的作战能力（篇幅较多，就不细谈了）。虽然以鄂尔多斯左翼诸巴托尔和土默特卜硕图汗为核心的右翼万户曾差点灭了林丹汗，但林丹汗在兵败如山倒的时刻居然还是给逆天了（本人认为在艾巴格河畔的这场战役，可以说是当时内亚战场上最为精彩的一役了）。