涉及亿万资金的棚户区改造工程，自2008年启动以来就接受审计署的跟踪审计。从最新审计情况看，棚户区改造工程的资金管理、项目建设和分配等总体较好，但一些工程项目和单位还存在违反规定或管理不规范等问题：
——些不符合保障条件的家庭违规享受了相关保障待遇，而符合保障条件的家庭重复享受了相关保障待遇。如南平松溪县相关部门审核把关不严，致使3户不符合条件的对象违规获得了农垦棚户区改造住房。
——些项目代建企业等单位违规出售保障性住房，一些住房被有关单位、个人违规用于拆迁周转、转借出租等。如兰州国资投资公司违规将棚户区改造项目余量房6623套对外出售。
——一些项目或单位挪用棚户区改造工程专项资金，用于归还贷款、对外投资、征地拆迁等项目支出。如陕西省太白、长青林业局挪用改造资金349.4万元发放职工工资。
——部分项目未办理建设用地规划许可等手续用地，有的项目将建设用地用于商业开发等其他用途。如沈阳沈北新区中央下放煤矿棚户区改造项目建设用地未批先用115.82亩。
对此，审计署表示今后监督会把握总体和突出重点，将覆盖棚户区改造工程四大环节，包括任务分解、建设、分配和后续管理。