1906年9月，袁世凯奉命进京参与中央官制改革的讨论，在他的授意下，编纂官制局提调孙宝琦、杨士琦等人提出，中央官制改革的关键是行政中立的原则，在那时尚没有党派冲突的前提下，他们认为影响行政中立的关键在于官僚身份的认定及出身，他们建议取消军机处，设立责任内阁，将来的责任内阁主要对议会负责。这样可以保证行政中立，但显然削弱了朝廷对行政的控制，当然也削弱了满洲贵族统治集团对政府的控制，因而也就激起了满洲贵族统治集团的普遍反对。

孙中山等人在外面的宣传肯定影响了满洲贵族集团中相当一部分人，这部分人真的开始怀疑汉族人与满洲人的离心离德。不过清廷最高统治层比如慈禧太后认为，既然身份认同已经成为政治变革中的大问题大障碍，那么就应该解决这些问题，让这些问题不再成为政治改革进程中的大问题大障碍。所以在稍后的讨论中，清廷一方面比较明确地否定现在就立即废除军机处设立责任内阁的建议，另一方面宣布废除过去中央各部双首长制，即宣布废除满尚书、汉尚书的区分，在新官制方案中实行满汉平等的原则，中央政府任命的新尚书不再区分满汉，只是在最初一批新尚书名单中，还是满洲贵族出身的高官占了多数，汉人所占的比例反而不如满汉双首长制时多，这当然使许多汉族官僚感到不满。

袁世凯的退让并没有换来满洲贵族统治集团中少壮派的信任，他们之间的较量角逐和暗中较劲越演越烈。当然，袁世凯处于被动状态，少壮派则采取咄咄逼人的进攻态势。他们暗中煽动言官、御史弹劾袁世凯权重势高，贪私误国，甚至恶意预言袁世凯迟早要像历史上的曹操、刘裕那样，篡位夺权。

清流们的攻击没有影响袁世凯的地位。1907年9月，清廷调任袁世凯为军机大臣兼外务部尚书，与刚刚调任来的湖广总督张之洞及庆亲王奕劻一起主持中央政府日常事务，成为慈禧太后和中央政府最信任也最离不开的重要人物，即便在为光绪帝选择皇位继承人以及选择摄政王载沣这样重大问题上，慈禧太后也曾认真听取袁世凯的意见。

在慈禧太后向袁世凯征询皇位继承人问题时，袁世凯竭力认同由三岁的溥仪继承皇位，支持载沣为摄政王监国。然而袁世凯的拥戴并没有换来与满洲贵族统治集团中少壮派的和解，这些少壮派集结在摄政王周围，不断向摄政王施加压力，要求处死袁世凯，以防止袁世凯利用手中曾经拥有的军权发动政变，篡夺大清王朝的统治权。

当满洲贵族统治集团中少壮派军人密谋攻击袁世凯的时候，袁世凯在北洋系的政治盟友和追随者在保定府发动了一场小小的兵变，以威胁摄政王和少壮派。结果摄政王没有完全答应少壮派的要求，而是于1909年1月2日将袁世凯开缺回籍养病了事。

三、真正原因：外交失败引咎辞职
袁世凯开缺回籍的原因当然不是那么简单，还有许多人们至今并不明白的背景与原因。袁世凯开缺回籍也是当时国际大环境的产物，是列强在远东竞争的必然结果。
袁世凯是慈禧太后在生命最后岁月最为仰赖的重臣，他与汉大臣张之洞分享着控制中央政府日常运作的权力。张之洞的主要职责在内政，而袁世凯以外务部尚书的身份主管着大清帝国的外交事务，与外务部管部大臣庆亲王奕劻密切合作。

经过几十年的发展，特别是《马关条约》之后的发展，列强在中国的投资越来越大，在中国经济生活中所占的份额也越来越突出，中外之间的交往越来越密切，中国的内政越来越多地受制于外交，外交博弈成为清政府当年最重要的一门功课。这也是袁世凯在政治上地位凸显的一个重要原因。

从列强的视角看，英国在甲午战争之前原本与中国关系最为友好，两国的贸易和文化往来也最为突出。然而在甲午战争中，英国借给中国“高升”号运兵船，当“高升”号出事之后，英国人不仅不愿与日本人翻脸，反而越来越倾向于日本，中英关系渐行渐远。英国与日本在1902年缔结同盟条约，这也是日本稍后敢于与俄国发生正面冲突，敢于发动日俄战争的重要背景。

在欧洲，英国是德国的宿敌，中英关系的疏远导致了中德关系的亲近，特别是在《马关条约》谈判过程中，德国人拉着俄国人、法国人，多多少少为中国说了一些好话，帮过中国一些忙，尤其是三国干涉还辽，不管怎么说还是很让中国人感激。

日俄战争的结果使英日同盟在远东占尽了上风，远东的战略格局因英日同盟而被打破。英日同盟对远东的垄断当然不符合后起大国德国和美国的利益，所以为了抵制英日同盟，德国人于1906年动议组建中美德三国同盟。德国人三国同盟的建议引起清廷高度重视和兴趣，只是清廷考虑到英国和日本对这个三国同盟可能产生的激烈反弹，因而迟迟不敢答应德国人的建议。

中国的自我孤立鼓励了英国和日本，几经周折，日本与俄国握手言欢。1907年7月30日，日俄两国签订《日俄密约》，规定中国东北地区南部为日本势力范围，北部为俄国势力范围。前者被称为“南满”，后者被称为“北满”。俄国承认日本对朝鲜的占领，日本承认俄国在外蒙古有着自己的特殊利益。

日俄和好并走向结盟改变了远东的政治格局，稍后甚至出现了英法日俄四国同盟的雏形，英国与俄国于同年8月31日签订协议，确定各自在华势力范围。他们联合统治着远东，使德国还有美国都感到格外失落，于是德国人再度推动中美德同盟，美国人对此也变得非常积极。对于德、美两国的建议，此时主持中国外交事务的袁世凯高度认同。袁世凯认为，如果美国在中国东北地区的贸易和投资有很大上升，占有重要的经济地位，那么按照美国的外交原则，一定会成为牵制日俄在东北势力的力量。东三省总督徐世昌亦认为，假如要想让美国帮助中国抵制日本，那么就要向美国人提供有足够吸引力的投资机会。奉天巡抚唐绍仪也认为，中国应该运用铁路建设和银行贷款等经济计划，去吸引美国资本进入东北，用美国的政治势力和经济影响力去抵消日本对南满、俄国对北满的控制。

根据这些情形，清政府于1908年10月批准袁世凯的建议，任命唐绍仪为特使出使美国，公开的理由就是感谢美国政府退还部分庚子赔款，而实际上是进行缔结中美德同盟的谈判。为了这个谈判能够顺利进行，清政府又给唐绍仪另外一个权限，就是与美方洽商东北开发贷款即“满洲银行贷款”，以此贷款引诱美国政府同意与中国结盟。

唐绍仪抵达美国的时间为12月1日，即美日协定签订的次日。即便如此，美国留学出身的唐绍仪在美国应该还有外交活动的空间，无奈此时中国内部又发生了重大变故，慈禧太后和光绪帝在一天之间突然相继去世，信息高度透明的美国对中国这个神秘国家的政治变动根本摸不着头脑，在政治前途并不明朗的时候，美国政府当然也不愿意与唐绍仪进行实质性的谈判。于是，唐绍仪和他的代表团悄然回国，中美德联盟成为泡影，中美外交也迅速降温。