生育本能说被认为是恐同最本质的来源。对于父母，孩子如果是同性恋，这将会打破生物繁衍的链条，成为对本家族继续繁衍的潜在威胁。除了宗教，有种观念认为，人在死后其生命会和谐的在其孩子以及孩子的孩子身体里和谐延续，而同性恋是在破坏着这样一种和谐。
一些性理论家解释道，男同性恋间的关系通常比女性恋间的关系更让人产生强烈的反感。因为恐同者认为他们的利益受到了男男关系的威胁。同性恋关系一般被认为是对传统性别角色的挑战，是一种对“性别角色的越界”。而对“性别角色越界”的惧怕，是恐同症另一个最主要的来源。研究报告指出大多数恐同者对于性别角色有着非常刻板的思想，比如“男性至上主义”。
一些性理论家解释道，男同性恋间的关系通常比女性恋间的关系更让人产生强烈的反感。因为恐同者认为他们的利益受到了男男关系的威胁。同性恋关系一般被认为是对传统性别角色的挑战，是一种对“性别角色的越界”。而对“性别角色越界”的惧怕，是恐同症另一个最主要的来源。研究报告指出大多数恐同者对于性别角色有着非常刻板的思想，比如“男性至上主义”。
