灰原遭受危机之后被FBI转移到安全地点，但组织已经清楚毒药和灰原变小的事。之后小兰被组织抓住，威胁FBI交出灰原。柯南随警方和FBI同时营救，但是警方和FBI被组织拖住。柯南利用身体小的优势独自深入成功接近小兰关押的地方，解救小兰后寻求出路，碰巧找到研究毒药的研究室，发现里面全是柯南和灰原哀的资料，此时只能与兰坦白毒药和变小的事。他们正想逃离，没想到琴酒一帮人在那埋伏，情急之下柯南将找的的毒药样品交给小兰，打斗后擒住小兰和柯南，柯南为保护小兰中弹昏迷。组织想用柯南来做研究暂时没杀了他们，之后被锁在一个地下室中，经小兰观察后发现有一通风管道，但是她的个头无法通过，而柯南昏迷无法行动，小兰决定服下毒药一试，变小后穿上柯南的鞋子，跳上了通风管道逃离。被获救后柯南苏醒，向小兰约定终生。当然此时黑暗组织还未被剿灭，但是在日本的分部遭到重创（琴酒等人被擒）。几个月后灰原研制出解药，灰原成功变回大人，但是新一由于变化太多次已经有了抗药性，无法变回大人，最终小兰最终选择与新一重新来过，新一父母想让新一去美国，但是被新一拒绝，仍然寄主在小兰家，由小五郎和英理照顾（之前有一事件他们和好搬到一起住）。最终BOSS的对决应该会在剧场版中出现。