1951年05月,厦大、西北工学院、北洋大学三校的航空系并入清华大学,设立清华大学航空学院。厦大海洋系师生转入山东大学组建山东大学海洋系;厦大的电机、土木、机械三个系各一部分并入浙江大学;厦大工学院的机械和电机、热工系三系参与组建南京工学院,即东 南 大学;厦大水利专业参与组建华东水利学院,即河海大学;厦大俄语专业合并入南京大学外文系,俄语专业学生同时转入;厦大土木系、建筑系先后并入同济大学。1953年厦大企业管理系被调整到上海财经学院,即上海财经大学。1953年厦门大学的法律系并入华东政法学院,现更名为华东政法大学。1957年,北京大学、南京大学、山东大学、厦门大学、中山大学国内十余所高校共同创建内蒙古大学。大连海运学院由东北航海学院、上海航务学院、福建航海专科学校合并而成,而福建航海专科学校即为从厦大分出的航务专科。