争鸣（公元14世纪中叶到17世纪中叶）
公元14世纪中叶，藏医药学在这样的历史条件下空前活跃起来，名贤辈出，形成了不同学派，主要有南北两个不同学派。两大藏医学的竞相争鸣，不仅充实了《四部医典》的具体内容，同时也活跃了整个藏医药学术领域，促进了藏医药理论的丰富和发展。
北派
北派以强巴·南杰札桑（1394-1475）为代表，他对医学尤其精通，著作很多，并对《四部医典》进行诠释，通过医疗实践及结合北方自然条件特点和生活方式，进行经验总结，擅长使用温热药物、方剂药物较多，精于艾灸、放血等外治方法和风湿性疾病的治疗。
南派
南派较北方学派略晚，其代表人物是苏喀·年尼多杰（公元1439年--1476年），他对南方的草药有独特的研究心得并培养不少弟子，对《四部医典》也进行了深入的研究。该派擅长使用清解药物，方剂药味较少，精于草药的鉴别、应用和温热疾病的治疗。
竹青·乌金巴
出生于1230年，，21岁出家。他拜第二世噶玛巴为上师学习了“大手印”的传承、理论等,精读了“金岗论”,特别研习了天文历算和藏医,后来他为了寻求到更高深的密宗、天文和医学知识去了印度、阿富汗等一些国家。回藏后,他新创立了一个教派——多吉宋杰提珠。他悉心研究了药物的性能,并发明了提炼黄金、矿石和水银的方法,运用提炼出来的原料配制出了“仁青日布” （珍宝丸）。另外西藏历史上认定转世活佛的制度也是经过他实现的,他的上师噶玛巴去世后,他找到了一个从阿里来的小孩认定他为第二世噶玛巴的转世,即三世噶玛巴让琼多杰,这是历史上第一个被认定的转世活佛。他还写出了《百蹦》和《提炼水银的方法》等医学理论多本经书。他于公元1309年圆寂。
唐东杰布
唐东杰布（1361-1458）对藏族文化和藏医药的发展作出过杰出贡献的大人物。原名措吉达真，诞生于后藏沃加拉考地区。他博学多思，尤其研修显、密宗佛学，成为有一定造诣的学者。他是个杰出的名医、建筑师和艺术家。唐东杰布又称“铁桥活佛”,传说他一生建造了铁索桥58座、木桥60座,制造大小舟船118只,至今仍被藏族工匠尊封为祖师。他发明了藏戏以及能治内科百病的“洁白丸”和能治流行性瘟疫的“红丸”等医方良药以及藏戏至今人们仍在流传和使用。唐东杰布对藏族文化和藏医药的发展作出了不可磨灭的贡献。因而被人尊称为“唐东杰布”（意为“千里平原上的国王”）。