职业联赛(1994-2009)
1994年,球队获得首届职业化顶级联赛亚军。季中,球队客场6-1大胜上海申花队,创造了球队联赛客场赢球纪录并保持至今。
1995年,球队将二队出售,此后成绩逐年下滑。
1998年,受球员转会及球员储备不足等因素影响,球队在甲A联赛中名列第14,排名垫底,第三次从顶级联赛降级。
1999年,太阳神集团与广州市体委续签5年合约,在甲B联赛中获得第八。
2000年,球队在最后一轮面对保级直接竞争对手取胜,艰难保级。
2001年初,太阳神退出,浙江的吉利集团赞助球队,广州足球历史上第一次由省外企业接盘。球队的情况开始好转并在该赛季取得第四名的成绩,但未获得升级资格,吉利集团于是也退出了赞助行列。
2002年,广州足球队由广州市足协托管,并由广州市香雪制药有限公司冠名,球队冠名为广州香雪制药足球队。由于该年取消联赛升降级,球队遂以锻炼新人为目的,最终获得联赛倒数第二,由于该年没有升降级,仍留在甲B。
2004年,广东日之泉集团入主球队,并由广州中一药业冠名,球队冠名为广州日之泉中一药业队。
2006年初,广州医药集团有限公司以90%股份与广汽集团、萝岗区政府与广州足球发展中心四家为股东成立股份制“广州医药足球俱乐部”。聘任名帅戚务生执教。
2007年,球队提前三轮升入中国足球超级联赛,时隔9年第四次升入顶级联赛,并获得当年甲级联赛冠军,时隔26年再度获得次级联赛冠军。
2008年,球队冠名广州医药中一足球队首次征战中超联赛。赛季中,球队在客场0-6大比分输给长春亚泰队,创造球队职业联赛最大比分失利纪录。最终以10胜10平10负第9名的成绩完成赛季。
2009年,球队冠名广州医药白云山足球队。同年底,在中国足坛打黑风暴中被揭发曾经在2006赛季先后两次参与打假球,球队被处罚,降入甲级联赛。球队第四次从顶级联赛降级。2010年初,广药集团正式退出,股权转让给广州市足球发展中心,俱乐部暂时由广州足协托管。