由于唯一记载秦朝的正史《史记》没有地理志书，所以秦朝的行政区划并无单一可靠的来源，除最著名的由《史记》记载的三十六郡外，还有四十郡、四十八郡之类说法。甚至三十六郡的具体所指、郡治、范围也是历来史学家、历史地理学家研究的课题。[99]根据里耶古城的考古发现，秦朝还存在“洞庭郡”。黔中郡是否存在是争议话题。而在2008年，岳麓书院根据从中国海外紧急抢救的2098枚珍贵秦汉竹简中，在已知秦朝四十八郡之说外还发现了有两个新郡的证据，一个叫州陵郡，一个叫清河郡（郡治山东省巨野县张表乡清河集村，见巨野县志）。在抢救过程中，有一枚秦简刻有“丙辰朔己卯南郡假守贾报州陵郡”而“州陵守”、“州陵假守”则至少出现过3次。岳麓书院副院长陈松长还介绍到另外一枚秦简则清晰地篆写有“清河假守”，可以推测为“清河也是郡名。”始皇三十三年设立桂林、象郡、南海三郡。[58]