健康麝香鼠的粪便如同豌豆大小，呈环形或椭圆形，而且大小均匀，表面圆润并带有光泽，软硬适中，略有弹性，呈大颗粒、硬粒状。但当环境条件突然发生变化，或机体受到病原微生物侵袭，或饲料发霉变质等引起起麝香鼠发病时，其粪便的形态、气味、颜色也随之发生变化。据金牧科技在养殖麝香鼠生产上滴经验——麝香鼠粪的变化，并结合临床症状来识别、诊断麝香鼠的一些常见疾病，以便做到早发现、早诊断、早治疗。
1、粪便细小而坚硬，量少，有时几天不排粪，腹部膨大，水化停滞，触摸麝香鼠下腹部可摸到坚硬粪球。此症状多为肠便秘。可内服食用油治疗，大麝香鼠10～15毫升，小麝香鼠5～10毫升，加等量温水一次内服；也可用温肥皂水灌肠，每次20～30毫升。同时，增喂青绿饲料，停喂精饲料，增加运动，供给充足的淡盐水。
2、粪便软、稀，呈糊状或水样，有腥臭味，粪便中常混有未消化的食物，肛门周围粘满稀粪。这多是由于饲养管理不当、突然更换饲料、饲喂不定时或定量引起的消化不良或胃肠炎型腹泻。预防及治疗措施：改进饲喂方式，喂易水化的饲料，不喂发霉变质的饲料，更换饲料时逐渐进行；（www.shexiangshu.com）治疗可内服痢特灵1～2片，每天2次，同时肌注庆大霉素2～4毫升。对严重脱水的病麝香鼠，可静脉注射5%的葡萄糖20～30毫升。
3、粪球增大、稍软而无光泽，呈黑色或草绿色，麝香鼠的食欲正常，没有其他症状。这种情况多因青绿饲料喂量过多、而精饲料过少而引起。生产上，要减少青绿饲料的喂量，适当增加精饲料的比例。
4、粪便恶臭、下痢，尾部、肛门周围粘满稀薄的粪便。有的病麝香鼠下痢与便秘交替发生，有时带有血丝；病麝香鼠消瘦、贫血、耳发白、有腹水，有时肠内有成串的粪球，死前发出尖叫声，两前肢呈划船动作等症状。该症多为球虫病。(www.zgshexiang.com)预防可在饲料中加入氯苯胍、克球王、复方敌菌净等抗虫药物；幼麝香鼠在饮水中加入青霉素、痢特灵等药物，可起到止泻和治球虫的作用。
5、粪便呈褐色，随即出现剧烈水泻。有时则出现胶冻样粪便，黄褐色；有时排黑色水样粪便，粪便后期带血，腥臭。病麝香鼠体温不高，后肢有稀粪污染。该症可能是魏氏梭菌症，是一种比较难治的麝香鼠病，初期可以用魏氏梭菌病抗血清静注，每公斤体重2～3毫升，每天2次，有一定疗效；也可用卡那霉素，每公斤体重20毫克，每天2次，连用3天，或用青霉素+链霉素+VC治疗，也有一定疗效。
6、初生乳麝香鼠的粪便呈黄白色水样，未断奶仔麝香鼠和幼麝香鼠发生严重腹泻，排出淡黄色水样粪便，粪便上带有大量粘液。病理变化：肠内充满大量气体，肠内容物呈胶冻样。此症状多为大肠杆菌病。(www.shexiangshu.com)治疗可口服庆大霉素2～4毫升，每天2次；在饲料中加入0.5%菌毒痢停制成颗粒饲料，可起到预防作用。
7、粪便干硬、量少、粪球呈串状，内有麝香鼠毛，特别是初吃食的仔麝香鼠和母麝香鼠最易发生。此症状多为食毛病（毛球病）。治疗可喂服食用油或泻药，灌服人工盐，并增加青绿饲料的喂量，保持窝内干净卫生。
8、粪便呈淡黄色，有腥臭味，仔麝香鼠肛门周围被黄色尿液污染，表现为急性水泻，一般全窝死亡。此症多为仔兔黄尿病，是由于母麝香鼠乳房炎所致。治疗措施：首先对母麝香鼠肌注青霉素，每次80万单位，每天2次，连注2天；对患病仔麝香鼠口服庆大霉素或氯霉素，每次4～5滴，连用3天，效果很好。