口服用药将药物拌饲料中或做成舐剂或放在某一载体食物中的投药方法，适合于麝香鼠的群体投药或较少个体发病时的治疗。此类药物均为难溶于水，在胃肠道吸收或直接作用于胃肠道而发挥抗菌消炎作用。胃肠道疾病如消化不良、慢性胃炎、胃溃疡、肠炎等口服药物效果好。危症病例，频频发生呕吐时不能采用口服给药；对胃肠粘膜刺激较大的药物，能被胃液、胰酶破坏的药物不宜口服。麝香鼠群体投药时，一定要精确计算出总量，然后需均匀拌饲料中，防止由于搅拌不匀，造成某些个体中毒现象。常用的口服药物有磺胺、复方新诺明、氨苄青霉素、痢特灵、恩诺沙星、氟哌酸、土霉素、新霉素、磷霉素、健胃助消化药、收敛药、制酵药、消沫药、中药散剂、维生素、微量元素、抗真菌药及益生素等。