目前，青岛世园执委会已经成立了运营指挥部，共设立2个委员会、1个指挥办公室和16个职能部门。16个职能部门包括14个条管理部门和2个块管理部门。其中，条管理部门设立了综合服务部、人力资源部、计划财务部、礼宾接待部、新闻宣传部、参观服务部、商业服务部、园区管理部、园艺管理部、展园管理部、文化活动部、安全保卫部、志愿者管理部、国际竞赛组委会办公室。块管理方面，考虑园区场馆的独立性和重要性，设立场馆管理部，综合协调各场馆的运营工作；另外，考虑世园村管理的独立性，再单独设立世园村管理部。
和青世园发【2012】23号《关于调整2014年青岛世园会执行委员会及相关机构人员的通知》相比，运营指挥办公室、志愿者管理部、国际竞赛组委会办公室为新设条线管理部门，场馆管理部、世园村管理部为新设块管理机构，园区运营部和市场开发部等调整职能转变为参观服务部和商业服务部，工程部、规划设计部、园艺部职能整合设立园区管理部、园艺管理部，招展部调整为展园管理部。其他职能部门基本保留不变，近职能由前期的筹备转向侧重运营维护。