楼主太谨慎了

只需用域名申请就可以了，不用管在什么目录

网站验证流程您可以参看网站验证步骤详解：
http://yingxiao.baidu.com/support/union/detail_5242.html
您在操作网站验证步骤时需注意：
1、该流程不能重复操作。如：下载验证文件并放置到域名根目录下，点击验证，无论能否通过网站验证，该验证文件都于当次操作后失效。请在30分钟内完成上传或添加，如果超时，验证文件会失效，您可以重复以上步骤重新获取验证文件。如果没有通过验证，您需要重新下载验证文件。或建议您更换电脑进行操作。
2、请您在页面加载完成后，再进行下一步操作。
3、验证文件只在验证过程中有效，一旦验证成功，您可将验证文件删除。
4、您使用的电脑中是否安装了迅雷或类似软件，若有请您删除后，再尝试验证。
5、由于网站验证是证明申请人对网站的控制权所有权的表现，需用户自行操作完成，若仍无法验证，建议您咨询下您网站的相关系统维护人员。
6、在验证过程中，页面不可以刷新，后退。建议您使用IE浏览器操作。
另外百度联盟只注册验证一级域名，二级域名目前无法申请，同时提醒您，当您的网站通过配置审核后，您在二级域名页面投放的代码也会生效。