完善了空间跳跃技术后,人类开始向星际间的众多行星移民,开发新的空间。2525年4月20日,与远地殖民地丰饶星(Harvest)的联络中断了。在试图重新建立联络的努力失败后,殖民军总参谋部 (the Colonial Military Administration,CMA)派遣了一艘侦查舰,金羊毛号(the Argo)前去调查。可是金羊毛号一到达丰饶星系,与飞船的联络也突然中断了。
CMA火速派遣了一支三艘战舰组成的战列舰队前往丰饶星。只有战列舰队领航的旗舰大力神号(the Heracles)返回了致远星,战痕累累,伤亡惨重。战舰的指挥官报告说,出现了一艘配备了强大武器的外星战舰,已经践踏了丰饶星,血洗了殖民地。从此,外星种族星盟-圣约人(Covenant)对人类的侵略就拉开了序幕,圣约人的科技远远胜过于地球,逼得地球的军队节节败退。圣约人舰队发现了人类的最大的造船厂和UNSC的指挥部所在地。在致远星岌岌可危时,载有士官长的秋风之墩号(又译为秋之柱号(PILLAR OF AUTUMN))通过一次结合了一块外星石头内隐含的信息的随机跃迁,他们发现了Halo,一个巨大的异形环状世界,有著一万公里的直径与可呼吸的气息。在这个巨大具有生命的圆环里居住著不可思议的生物、奇特的植物、扭曲的地下巢穴、巨大的山脉,以及数不尽的且充满怒气的异形。人类的船在遭到击毁之后,部分的人类组员登陆在Halo的表面上开始了一场与圣约人的战争!玩家将在这场战役中化身为终极战士“士官长”(MASTER CHIEF),游戏中的士官长是少数仅存的几个二代斯巴达战士之一,编号117。助手是人工智能——科塔娜。