突然，哥美斯、艾雷王、萨德拉等强力怪兽逐一苏醒，散落到宇宙中的各个星球上。
宇宙警备队得知了怪兽们从怪兽墓场逃脱的事情后，通过大队长奥特之父的命令，不光是勇士司令部和宇宙保安厅，就连见习中的队员也出动了，这件事发展成了大事件…
初代、佐菲、赛文三人为了将此事件的被害程度控制到最小，从M78星云出发。
初代他们通过杰克的情报得知在R行星上，怪兽们正在不断地集结，于是急速赶往R行星。
到达R行星的三人发现了哥美斯、艾雷王、萨德拉、诺科基林、撒旦比特尔。恐怖的怪兽军团看到了三人，对他们发起突然袭击，仿佛是被操纵的人偶一样。
三人和强暴化的怪兽交战。宇宙警备队队长佐菲和怪兽们打得不分伯仲，但是被艾雷王、撒旦比特尔抓住了一瞬间的空隙，被它们的光线击中，彩色计时器闪烁…
赛文发现了佐菲处于危机，在他转过身的一瞬间，背正中被哥美斯和萨德拉切裂，从背部溢出光的血。
初代和诺科基林的战斗打得更加激烈。初代跳跃躲过了诺科基林的冲撞，从空中发射奥特攻击光线。诺科基林在一瞬间静止，然后发生大爆炸，被火炎包围。
佐菲和赛文已经处于不能行动的状态。四大怪兽正向他们二人逼近。这时，突然从上空降下一颗银色的流星。为了救出二人而赶去的初代，突然看到了他，那就是M78星云中流传的传说中的战士“诺亚奥特曼”的身姿。从遥远的太古时代起就出现于宇宙各地，同怪兽们交战，把它们送往怪兽墓场的迷之巨人。
诺亚从两肩的双翼“Noa Aegis”放射出超电击Noa Thunderbolt击飞四头怪兽。
然而此时，宇宙空间里出现了戈斯星人，朝不能行动的佐菲和赛文发出光线。佐菲和赛文的身体被戈斯气球包围后带走了。
从空中着陆的诺亚确认了初代的安全，点头。然后初代向哥美斯放出了粉碎光轮，命中。哥美斯的身体被切裂、爆炸。同时诺亚向艾雷王、萨德拉、撒旦比特尔发射了闪电超绝光线“Lightning Noa”，闪耀着七色的光线在刹那间将三头怪兽消灭。
由于传说中的战士诺亚的协力，R行星出现的怪兽们终于被打倒了。初代走向诺亚的地方，但诺亚已经不见了。
感觉到背后有什么人的初代转过身，看到了友好珍兽皮格蒙。皮格蒙告诉他，是巴尔坦星人让怪兽墓场的怪兽们苏醒过来，并暗中操纵它们。而且被戈斯星人捕虏的赛文在高格达行星上，佐菲在宇宙空间。初代为救二人从R行星飞离，完全没有注意到有一个黑影正在注视着他…
赛文被绑在高格达星的十字架上，正被巨大亚波人、阳戈、奥尼昂处以磔刑。奥尼昂用铁棒殴打他的同时，巨大亚波人发话道：“赛文，怀念否？还记得从前这颗星球上兄弟们一起被处刑的事否？再次在这块星球上被处死吧…就你一个人！”“你这家伙！”
这时初代赶到了，立即和亚波人它们开战，但三对一的情况下无力招架。受到亚波人它们的攻击，初代最终倒下了。赛文十字架的旁边又出现了另一座十字架，上面用奥特签名写着“ウルトラマン”…
此时，诺亚再一次降临了。他向初代和赛文发射了Noa Wave。二人受到Noa Wave的照射后回复了体力，成功从十字架上脱离。
诺亚赐予二人究极能量ultimate energy，二人发射出了合体技斯派修姆射击Spacium Shot，亚波人它们被炸得粉碎。