学校排名在2010年全球最著名的两大科技期刊之一的《Nature》发布的《自然出版指数2010中国》(Nature Publishing Index 2010 China)这份报告中,厦门大学科研实力位居国内所有科研机构第9名。国际权威学术期刊英国《自然》杂志发布的《自然出版指数2011—中国》报告显示,厦门大学位列中国十大科研机构的第六位。学科排名截至2011年03月,在教育部学科测评中,厦门大学共15个学科进入全国参评院校前十名:分别是化学、工商管理、理论经济学、应用经济学、法学、社会学、民族学、教育学、新闻传播学、艺术学、历史学、海洋科学、生物学、航空宇航科学与技术、环境科学与工程。其中,海洋科学排名第2,应用经济学排名第3,民族学排名第4。