1896年1月12日，刘铭传在六安麻埠刘新圩去世，遗骨暂时安放在圩内，拟择时安葬。1896年春，一场大水冲毁刘新圩，刘铭传家人将棺材放在竹筏上运回肥西，葬于离刘铭传故居刘老圩十几里远的金桥吴家院墙。
1958年“大跃进”时，平整土地，刘铭传墓被挖开。在当时省政府的支持下，刘铭传曾孙刘肃曾先生的夫人和亲戚去刘铭传墓地察看，发现刘铭传随葬品仅剩帅袍等少数物件。他们把遗骨捡出，包以帅袍残片，带回合肥火化，珍藏家中。
1964年，刘铭传的后人刘朝望的夫人周宗文由上海来合肥时，受刘肃曾先生的委托，将刘铭传骨灰盒连同后人刘朝望的骨灰送往苏州天平山灵岩寺保管。
1966年秋，苏州天平山灵岩寺住持通知将存放的骨灰盒取回。周宗文委托娘家侄儿周国保将刘铭传及刘朝望骨灰带回老家长丰县三十头村，趁天黑埋入村后坟地，堆成两个相连的小坟包。周国保及家人从来不敢透露这是刘铭传的坟墓，恐遭人盗掘。周国保去世后，由其老伴和子女负责看护祭扫。
2000年12月，因乡村土地统一规划需要迁坟，刘铭传遗骨运回了合肥刘氏家中掩藏;
马骐老先生说，2000年12月13日是刘铭传骨灰发掘的日子，他作为合肥市地方志专家，和合肥市文物考古专家程如峰先生，应邀作为见证人和记录人。当时，二十多位刘铭传后人齐聚发掘现场。刘铭传骨灰盒出土时已严重腐烂，一碰就破，不过，骨灰保存基本完好。此后，刘铭传骨灰暂时放在其后人家中轮流保管。
2011年4月12日魂归故里
刘学亚介绍道：“4月12日上午7:36，刘家家族后辈数百人将在小东门小花园集中，从那儿护送我们的先祖、台湾首任巡抚刘铭传，从小东门顺着长江路慢行到大西门，我们护送到大西门的时候再沿着合六路奔向先祖的故乡。”
“先祖遗骨终要入土为安，这不仅意味着刘学亚完成了父亲的遗愿，而且他相信这也是先祖刘铭传最大的心愿，对促进两岸的旅游文化交流甚至两岸的和平统一都将有着重大的意义。”
据了解，新建的刘铭传墓园位于肥西县大潜山北，仿中山陵造法，借山建隣，高达146米。刘学亚老人介绍，刘铭传遗骨所用水晶棺价值500万元，水晶墓高1.6米，宽46厘米，厚6厘米，底座需四人才能搬动。