清洁压载水：该方法是指在压载时采用一些预防性的措施，避免在浅水处取水和取水时时搅动底泥，以及避免在疾病流行和水藻爆发的地区取水。但这样取水的地点很少。
证明压载水清洁无害；通过实验室的分析化验来证实本船压载水不含对接收地有害的水生物和病原体。但此方法可操作性差。
将压载水清洁无害：由于绝大多数的生物不能适应压载水中黑暗、铁含量高的环境，因此如将压载水保存在船上超过100天，将最大限度地杀死水中生物。但油船和散装船将压载水留船3个月不现实。
用港口接受装置接收；这是对压载水进行有效控制的一种方法。但该方法的实施取决于港口提供接收装置的容量。
过滤：过滤掉那些较大的生物如小型海藻等，但体型小的生物不能被过滤掉。若使用凝结剂，将十分有效，但须恢复压载水的ph值后，才允许在港口排放。
对压载水加热：是一种具有潜在吸引力的解决方案，把压载水加热到80℃以上约8分钟就可以杀死所有生物，须考虑能源问题。
紫外线照射：有些生物对紫外线有很强抵抗性，处理效果还取决于压载水的透明度，如果紫外线照射与过滤法并用，将会收到较好的效果。该法无毒副作用，且对船舶管路，泵体和船舱涂层无不利影响。