肥厚型心肌病的自然病史有高度变异。肥厚型心肌病起病缓慢，起始多年无症状，多数患者可长期生存，但猝死可发生于病程的任何阶段。约2/3的肥厚型心肌病患者病情可稳定或经治疗后改善，而1/3肥厚型心肌病患者症状有恶化。
肥厚型心肌病预后与年龄有关。儿童患者预后较差，老年患者常无症状或有轻度症状，多在60-70岁后症状加剧，预后较好。
心尖肥厚型心肌病的预后可能较其他类型好，心功能障碍程度多较轻，猝死率低。