全自动压载水过滤机主要是应用于对于海水的净化、阻垢、杀菌和降解海水中的有机物等作用，尤其是对于过滤出的水质有较高要求的领域，常见的例如船舶的压载水领域。一般情况下全自动压载水过滤机还与超声波紫外线杀菌器一起配套工作，主要是因为超声波紫外线杀菌器能够去除掩藏在海水中泥沙、藻类、悬浮物、真菌、腐蚀物、有机物以及其它微小颗粒等杂质，从而达到净化水质的目的。
传统的过滤机与全自动压载水过滤机相比，它只可能在对于过滤精度相对要求不是特别严格的过滤行业中进行使用，原因是如果采用了精度在50μm以上的过滤网时，因为一般的过滤机没有可靠的高压反冲洗能力，所以如果过滤网在被污堵后没有办法对于杂质彻底的清洗，过滤网的通量就没有办法恢复，所以会导致过滤机可能无法正常的运行。
压载水过滤机主要应用于过滤海水，而海水的腐蚀性又特别大，因此全自动海水过滤器需要采用专业耐海水的材质来制作滤网；相对普通的过滤机来说，对这样的耐腐蚀性要求就不那么高了，采用一般的不锈钢或者再好点的316L的不锈钢材质就可以的。