塔崩之际,剑圣回心转意,危急中救出三人,送往苗疆灵山圣姑处治伤。灵儿身受重创,难以复原,昏迷不醒;逍遥也受了重伤。三日过去,逍遥苏醒,得知灵儿怀孕之事和月如之死讯,心伤之后,立刻动身为灵儿找寻仙药金翅凤凰蛋壳和火眼麒麟角,其间结识白苗组长南蛮王之女阿奴。逍遥和阿奴得麒麟老人指示,前往大理女娲神庙,逍遥被青儿的幽魂招入神像,向青儿表白了对灵儿的眞情。青儿欣慰,施展回魂仙梦将逍遥送回十年前,助小灵儿脱险,帮青儿脱困,见证了当年灵儿所不知的一系列变故,并寻回早年被父母李三思夫妇偷去的水灵珠。回到现实,已是一个月之后。逍遥心忧灵儿,忙和阿奴赶回圣姑家中。
几个月后,灵儿生下一女婴,逍遥欣喜不已。灵儿为纪念月如,给女儿取名“李忆如”。逍遥为答谢圣姑挽救灵儿母女的性命,答应替圣姑去试炼之窟收集三十六只傀儡虫。经过几日修养,灵儿拜别圣姑,携逍遥、阿奴欲往女娲神殿祭拜母亲亡灵、同时化解南绍、大理长年的战争。来到大理城外,两军已激战多时,大理呈败势,南蛮王、盖罗娇等人和妇女儿童都已退入神庙。三人一路杀入神庙,灵儿终于在神像前见到青儿亡魂。青儿祝福灵儿与逍遥,并嘱灵儿定要化解两族仇恨,随即含笑而逝,留下女娲族圣物天蛇杖、圣灵披风和圣灵珠。灵儿接过母亲遗物,踏上神庙祭坛,以五灵珠祭天祈雨。顷刻之间,天降甘霖,大地回春,两族不必再争夺水源,战争顿化流水。
南蛮王感激万分,邀灵儿留下继承青儿的祭司之位,灵儿答应考虑。然拜月教主仍不死心,派地魔兽搅乱大理庆功宴。灵儿、逍遥、阿奴铲除地魔兽,乘胜追击,跳入无底深渊,一路杀敌无数,最后竟来到南绍王宫地下宫殿。王宫大殿,灵儿与分散十年的父亲巫王重逢。巫王忏悔过往对青儿和灵儿的所作所为,自知时日无多,望灵儿答应继承王位、挽救南绍。拜月教主突然率侍卫出现,反对灵儿继位,双方争执间,巫王突然举刀刺穿灵儿后心,灵儿失血过多,当场昏迷,逍遥又惊又痛、不知所措。二人消灭假扮巫王的树妖,阿奴立即施赎魂咒急救灵儿,但灵儿始终没有心跳。逍遥怒不可遏,冲出大殿欲杀拜月教主为灵儿报仇,阿奴也随即赶到。拜月教主向二人诉说自己的野心,欲用二人的鲜血令水魔兽复活。危急时刻灵儿突然无恙出现,三人合力打败拜月教主。拜月教主不甘失败,跳下殿内水塘,以肉身啖魔,水魔兽终于复活,穿破王宫。
天地间顿时掀起滔天巨浪,南绍顷刻被洪水吞噬。逍遥从水魔兽手中救下阿奴,却对水魔兽无可奈何,唯有潜入水中再度搭救被洪水冲走的阿奴。与此同时,灵儿飞上半空,拦住水魔兽去路,凝聚全身功力,毅然向水魔兽冲去……霎时间,一团白光照亮天地,灵儿与水魔兽同归于尽。天空放晴,逍遥孤单的背影,呆望着天蛇杖自空中缓缓落下……
逍遥告别阿奴,抱着忆如回到余杭。为令忆如摆脱女娲族宿命,李家悄然离开余杭,定居仙灵岛。逍遥带着天蛇杖上了蜀山,欲潜心练功。无奈逍遥思念灵儿之心日渐浓厚,每见天蛇杖便睹物思人,功力不进反退,唯有与师傅酒剑仙将天蛇杖藏于百邪不侵的玲珑福地,并派通臂火猴看守。
不久,逍遥接任蜀山仙剑派掌门之位,然八年来日夕思念灵儿,愁眉深锁,更在蜀山后山石壁上刻下“飞龙失伴云中探,恨遗天际陨灵珠”之句。一日,魔族掌旗使孔璘派幻魅画妖化作灵儿的样子,引诱逍遥。逍遥苦受八年相思之苦,乍见“爱妻”,情难自已,神思恍惚,被孔璘收入幻魅画轴。在画轴中,画妖看穿逍遥心思,继续假扮灵儿,并变幻出仙灵岛,令逍遥乐不思蜀,甘心在“岛上”与“灵儿”厮守终生,再无所求。直至王小虎等人来救,方始明白真相,但仍对画妖无恨无怨。后忆如与王小虎、沈欺霜决战大魔头千叶,力量悬殊,险遭毒手,空中突然传来灵儿的声音。灵儿重创千叶,令其现出原形、力量骤减,并为忆如等人疗伤,终令他们战胜千叶。虽不知那声音究竟意味着什么,是灵儿在天之灵?抑或灵儿仍在世?但无论如何,这证明灵儿其实并没有离开,她仍某种形式存在着,默默守护着她所爱的人、祝福他们能够拥有自己所无法拥有的幸福……