刘申叔把明清之际以来近三百年错综复杂的学术源流分为南北两学。南学又分为两派:其一以黄宗羲、万斯大、毛奇龄、胡渭及蔡德晋、朱鹤龄、吴鼎、俞汝言诸人为一派;二则把杭世骏、全祖望、臧琳及惠氏、余萧客、钱大昕、王鸣盛、孙星衍、洪吉亮、邵晋涵、袁枚、赵翼归为另一派。对于北学,“皖南多山,失交通之益,与江南殊,故所学亦与江南迥异”,先有梅文鼎,精推步之学,后有戴震之学,“实事求是,以实用为归”。 戴震死后,皖南学者,各得其性之所近,以扬州为最盛,有高邮二王、高化任大椿、仪征阮元、甘泉焦循、凌廷堪、刘文淇诸人,“盖乾、嘉、道、咸之朝,扬州经学之盛,自苏常外,东南郡邑莫之与京焉。遂集北学之大成。”
刘还意识到学虽以地殊,但一地并非不变,学术是交流互动的,“或析同为异,或合异为
同”。当常州今文学大兴之时,江北学者包慎言、刘恭冕、庄棫均治《公羊》,“此南方学派输入江北者也”;同样也有江北之学输入南方的,主要有两派:以陈寿祺、陈庆镛等人为代表的闽中学派和以金鹗、黄式三、俞樾、孙诒让为代表的浙中学派。