中国传统医学对灵芝的分类非常粗糙,这个话语体系中的“灵芝”实际上混淆了灵芝科的若干个有柄而具有光滑菌盖的物种,包括但不限于喜热灵芝G. calidophilum、黄褐灵芝G. fulvellum、热带灵芝G. tropicum、松杉灵芝G.tsugae、硬孔灵芝G. duropora等种类。甚至连广泛栽培的特定物种都身份成疑:之前大家一直以为种的是灵芝科科长G. lucidum,但近年的分子生物学研究表明,它实际上是另外一个物种四川灵芝G. sichuanense[1]。因为形态上的相似性,灵芝在中国各地有很多地方性的代用种类,按传统方法单凭颜色是无法将这些种类区分开的。中医典籍中提到的灵芝类真菌的名字也有沿用在现代的分类系统中的,比如紫芝G. sinense,这个种的成分常用来和灵芝对比,算是“颜色分类法”的歪打正着;又如云芝Trametes versicolor,它根本就不是灵芝科的。