【漫画单行本1】
001 FILE.1 现代的福尔摩斯
002 FILE.2 变成小孩子的名侦探
003 FILE.3 失去声援的名侦探
004 FILE.4 第6根烟囱
005 FILE.5 另一个歹徒
006 FILE.6 迷糊侦探变成名侦探
007 FILE.7 沾血的青春偶像
008 FILE.8 和你相像的人
009 FILE.9 不幸的误会

【漫画单行本2】
010 FILE.1 好赚的跟踪
011 FILE.2 完美的不在场证明
012 FILE.3 照片说话了
013 FILE.4 行踪不明的男人
014 FILE.5 可怜的少女
015 FILE.6 追踪高大的男子
016 FILE.7 恶魔般的主使者
017 FILE.8 恐怖的鬼屋
018 FILE.9 消失的孩子们
019 FILE.10 地下室的噩梦

【漫画单行本3】
020 FILE.1 旗本家一族
021 FILE.2 密室的秘密
022 FILE.3 遗产的去向
023 FILE.4 一族灭门
024 FILE.5 黑暗中的杀手
025 FILE.6 无法实现的梦
026 FILE.7 来路不明的赠礼
027 FILE.8 身份受怀疑
028 FILE.9 8月3日之谜
029 FILE.10 千钧一发

【漫画单行本4】
030 FILE.1 盔甲骑士
031 FILE.2 遗书之谜
032 FILE.3 原子笔之谜
033 FILE.4 黑色公事包之谜
034 FILE.5 特色车厢上的4个人
035 FILE.6 倒数10秒种
036 FILE.7 意外的藏宝图
037 FILE.8 译解暗号
038 FILE.9 译解暗号的新方法
039 FILE.10 发光的鱼之谜

【漫画单行本5】
040 FILE.1 裹着绷带的怪男子
041 FILE.2 第一个受害者
042 FILE.3 面临危机的小兰
043 FILE.4 暗夜的袭击
044 FILE.5 杀人魔的真面目
045 FILE.6 卡拉OK杀人事丄件
046 FILE.7 是他杀还是自杀？
047 FILE.8 隐藏在歌曲内的谜团
048 FILE.9 擦肩而过的两人
049 FILE.10 陌生的访客
050 FILE.11 逃脱、寻线、追踪三部曲

【漫画单行本6】
051 FILE.1 面具下的真相
052 FILE.2 3名拜访者
053 FILE.3 3人的不在场证明
054 FILE.4 电话答录机之谜
055 FILE.5 柜子的秘密
056 FILE.6 少年侦探队成军！
057 FILE.7 谜样的两兄弟
058 FILE.8 尸体消失之谜
059 FILE.9 祭典之夜
060 FILE.10 无懈可击的不在场证明

【漫画单行本7】
061 FILE.1 照片内的陷阱
062 FILE.2 月影岛的邀请函
063 FILE.3 钢琴的诅咒
064 FILE.4 秘密乐谱
065 FILE.5 烈火中的秘密
066 FILE.6 染血的案件
067 FILE.7 名字的秘密
068 FILE.8 新一的恋人
069 FILE.9 名侦探小兰
070 FILE.10 性命攸关

【漫画单行本8】
071 FILE.1 水落石出！！
072 FILE.2 黑夜的怪男爵
073 FILE.3 可怕的病毒
074 FILE.4 面具之下
075 FILE.5 小兰的眼泪
076 FILE.6 风的恶作剧？！
077 FILE.7 落下地点的秘密
078 FILE.8 新婚的悲剧
079 FILE.9 禁果般的柠檬茶？！
080 FILE.10 杀人的理由

【漫画单行本9】
081 FILE.1 危险的捉迷藏
082 FILE.2 追逐声音
083 FILE.3 怎么会这样？！
084 FILE.4 小五郎的社团同学会
085 FILE.5 意外的启发
086 FILE.6 弁庆的金刚立
087 FILE.7 选婿盛会
088 FILE.8 悄悄逼近的黑影
089 FILE.9 第2具尸体
090 FILE.10 借水杀人

【漫画单行本10】
091 FILE.1 用水混淆时间的诡计
092 FILE.2 西方的名侦探
093 FILE.3 棋逢敌手
094 FILE.4 东方的名侦探
095 FILE.5 东方的名侦探现身
096 FILE.6 浑身发热
097 FILE.7 潜伏身后的杀人魔
098 FILE.8 另一位乘客
099 FILE.9 暴风雪里的惨案
100 FILE.10 最后的遗言

【漫画单行本11】
101 FILE.1 会说话的桌布
102 FILE.2 现场直播时之死
103 FILE.3 虚幻之路
104 FILE.4 临时推理秀
105 FILE.5 重要的人！？
106 FILE.6 凶器的下落
107 FILE.7 二道迷
108 FILE.8 修行室
109 FILE.9 樱花与壁上的洞
110 FILE.10 浮在空中的力量

【漫画单行本12】
111 FILE.1 博士的宝物箱
112 FILE.2 黑色的太阳
113 FILE.3 宝物的真实面貌
114 FILE.4 突如其来的遭遇
115 FILE.5 炸弹的下落
116 FILE.6 柯南失算了
117 FILE.7 福尔摩斯之约
118 FILE.8 知道太多的女人
119 FILE.9 不明原因的爆炸
120 FILE.10 被识破的谎言

【漫画单行本13】
121 FILE.1 真面目
122 FILE.2 目击者
123 FILE.3 三胞胎的嫌疑犯
124 FILE.4 悲哀的兄弟羁绊
125 FILE.5 坠落的尸体
126 FILE.6 令人怀疑的自杀
127 FILE.7 花与蝶
128 FILE.8 逃亡者
129 FILE.9 怪兽哥梅拉的悲剧
130 FILE.10 离别的背影

【漫画单行本14】
131 FILE.1 照片为证
132 FILE.2 电话上的数字
133 FILE.3 命案正要发生
134 FILE.4 落叶缤纷中的质问
135 FILE.5 妈妈的心理
136 FILE.6 柯南唇角的笑意
137 FILE.7 有希子唇角的笑意
138 FILE.8 另一个人
139 FILE.9 奇怪的聚会
140 FILE.10 最后一名访客