公路集装箱液袋运输由于其货物的包装形态发生了质的变化，因此其货物的装卸、运输过程也将发生变化。就其货物运输的流转程序来说，出口集装箱货物必须是先将分散的小批量货物预先汇集在内陆地区有限的几个仓库或货运站内，然后组成大批量货物以集装箱形式运到码头堆场，或者由工厂、仓库再将货物整箱托运到码头堆场。进口集装箱货物如果是整箱运输的，将直接送往工厂或仓库掏箱，如果是拼箱运输的，将箱子送到堆场或货运站拆箱后再分送。这一种货物的运送方式同传统的运输运送方式有着很大的不同。首先，它的运送路线来的简单、方便，一般都在固定的几个仓库或货运站、堆场，这对集装箱液袋运输规模化、标准化创造了有利的条件；其次，它的作业方式将更容易实现机械化和程序化，为开展集装箱码头堆场、货运站直至仓库之间的拖挂车运输打下了良好的基础，这对提高集装箱液袋公路运输效率有着重要的意义。
就其货物的半年流程来说，集装箱货物分整箱货和拼箱货两种，整箱货是由发货人自行装卸，拼箱货是由集装箱货运站负责装箱。这同传统的件杂货装卸也有了很大的区别。