患上扁桃体炎主要是因为细菌以及病毒的感染，其中细菌感染更多见。病原菌多为溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌。很多的细菌都是存在于人们的咽部和扁桃腺隐窝内。在正常的情况之下，会因为扁桃腺表面上皮完整以及粘液腺的分泌，将细菌脱落于上皮细胞从隐窝口排出，可以保持着机体的健康。当机体因过度疲劳、受凉、局部受到物理或化学因素的影响后，抵抗力下降时，扁桃腺的血运减少、腺体分泌机能下降，上皮防御能力降低，细菌即乘虚而入，滋生繁殖，致使扁桃腺发炎。