本愿寺这个得澄清一下 本来石山御坊是不怎么支持信众闹一向一揆的 相反大多数情况下还总是到处灭火 但山高皇帝远 况且信众被 一小撮别有用心的人士所利用 事情就不好办了

楼主的问题说起来比较麻烦
1 日本的宗教势力 包括神道教和佛教
都是有一定世俗权力的 典型的例子就是寺社领地
寺社领地分为多种
但大多数情况下寺社领都是独立于当时封建领主（武士）之外的经济体系
这种领地享有诸多特殊权利
譬如守护不入（行政管理独立）不输不入（不需向世俗权威纳税）等等
经济基础决定上层建筑 相对独立的经济体制培育了相对独立的权威系统
因此僧寺客观上可以具有相当大的权力
有时甚至可以和领主分庭抗礼（譬如三河一向一揆）
2 宗教本身具有一定的扩散性
而日本的世俗化佛教（譬如一向宗）更将宗教本身的组织性和信仰狂热放大了
只要口念佛号就可往生极乐
比起什么律宗（严守戒律）禅宗（参禅开悟）简单实用得多
民众出于自身的低素质和对恶劣生存环境的不满
自然会选择一向宗这种大众化世俗化的宗教作为选择
为乱世中自成一派政治力量提供了温床
为了避免这种问题 世俗权威有事也出面
譬如德川幕府出面将本愿寺分成东西两个本愿寺
这件事顺利执行也能看出来本愿寺本身也是不想惹事的
3 再扯扯一向宗
其实我们所说的一向宗是个混合模糊的概念
本来是一向俊圣所创立的宗派为正牌一向宗
而本愿寺是净土真宗的本山
也就是说两个根本不是一个宗派
但问题在于两者概念很多相近的地方
基层人员分不清这两种宗派的区别
渐渐的两个概念就混同着用了
当然上层很明白这种事情
所以后来也有本愿寺本山严禁净土真宗信徒自称一向宗门徒的事情
4 回到问题上 为什么一心向善的和尚们也会参与这种乱世
其实上面说过这宗教是世俗化了的
说白了 林子大了什么鸟都有
和尚也不一定一心向善 入教的也不一定就是和尚
但僧寺本身有自己的经济基础（领地） 有自己的影响力（宗教）
有自己的人员组织（惣）有自己的武装（僧兵）
为了谋求更大的利益 造个反还不是想干就干的事？
乱世为人堪逐鹿 何妨十日做将军
很多时候是有人想要出人头地或谋取利益接着寺社的名义和组织基础
煽动不明真相的群众作为政治力量罢了

礼乐崩坏的产物

请参考甲斐宗运和太原雪齐这两个最牛の和尚

日本的和尚和中国的不同。不要说是战国时代。我记得我看过金田一的小说，狱门岛里，描写的是已经是明治维新以后的时代，那个岛上，和尚还是有着很大的权力，甚至超过村长

护良亲王

一天到晚在寺院念经烧香是不能普渡众生的。
需要实践中去普渡众生。
在中国，
即使1931-1945，
和尚也拿起棍子打仗；
而现在，
星云大师也在问政中关注民生。

宗教自古就不是省油灯啊，和尚也是，寺院经济独立性强，政治上又相对自由，宗派和教徒众多，就这还是佛教倡导出世哲学的情况下收着呢，中国历史上下令灭佛的统治者不是没有，南北朝，唐朝都有过灭佛。
你看看天主教十字军东征。。。和尚算好了。

战国有些牛人，事业到一定程度都喜欢玩玩出家！老虎出家拉了一票家臣！

他们本就不算和尚，就是剃头而已

日本和尚在世俗有地位和实力，中国和尚差很多。

日本有专门给和尚相亲的机构和网站 据说入会价格不便宜

……

　　　　　…世界会跟着我一起被毁灭…

古代的岛国宗教势力一直很大，战国的时候势力大到可以与武家大名比肩 。我国古代也有宗教势力膨胀的时候，但都被当权者灭了，历史上最有名的是三武灭佛，岛国就只有一个第六天魔王