植物保护研究所在1992年和1996年由农业部组织的对全国农业科研机构综合实力评估中两次名列第一,1996年被评为“八五”全国农业基础研究十强研究所。依托我所组建的植物病虫害生物学国家重点实验室在1996年、2001年和2006年由国家计委和科委委托国家自然科学基金委员会组织的国家重点和部门开放实验室统一评估中均取得了优异成绩,农业部农药化学与应用技术重点开放实验室在2002年和2006年农业部组织的部门实验室评估中均获优秀等级。中国农业科学院植物保护研究所科技创新平台体系健全,拥有国家农业生物安全科学中心、植物病虫害生物学国家重点实验室、农业部作物有害生物综合治理重点实验室、农业部廊坊有害生物科学观测实验站、农业部锡林格勒草原有害生物科学观测实验站和农业部桂林有害生物科学观测实验站、农业部外来入侵生物预防与控制中心、农业部植物抗病虫性及农药监督检验测试中心(北京)、农业部转基因植物环境安全检测检验测试中心(北方)、MOA-CABI作物生物安全联合实验室、中美合作生物防治实验室、中国农业科学院农药化学与应用重点开放实验室、中国农业科学院生物防治重点开放实验室和中国农业科学院杂草鼠害生物学与综合治理重点开放实验室、中国农业科学院新乡有害生物防治野外科学观测试验站等国家或部门重点实验室(中心),中国植物保护学会依托本所。与相关单位共建农业部公主岭有害生物科学观测试验站、农业部天水有害生物科学观测试验站、农业部库尔勒有害生物科学观测试验站,以及中国农业科学院植物保护研究所长岛野外科学观测试验站。