巴郡：
秦于周赧王元年（前314年）置巴郡，郡治江州县（一说初置阆中县，后移治江州县，今中国重庆江北区），郡初辖江州（治今重庆江北区）、垫江（治今重庆合川区）、阆中、江阳、宕渠（治今四川渠县）、符县6县，后陆续新置5县。

长江以南：
会稽郡、黔中郡、闽中郡、南海郡、桂林郡、象郡
会稽郡：
位于长江下游江南一带。秦朝置，郡治在吴县（今江苏苏州城区），辖春秋时长江以南的吴国、越国故地。
会稽郡因会稽山得名。相传夏禹时即有会稽山之名，会稽即会计之意。
《史记》记载了西汉时流行的说法：“或言禹会诸侯江南，计功而崩，因葬焉，命曰会稽。会稽者，会计也”。
《越绝书·外传记地传》写道：“禹始也，忧民救水，到大越，上茅山，大会计，爵有德，封有功，更名茅山曰会稽。”
会稽人王充在《论衡·书虚篇》中引吴君高之语：“会稽本山名。夏禹巡狩，会计于此山，因以名郡，故曰会稽。”史记载夏帝少康之庶子无余封于会稽（在今绍兴市一带），为越国之始祖。战国后期，楚国灭越国，杀越王无强，占据江东。越国王族分散于会稽一带，自立为君长，臣服于楚国。
公元前222年设立会稽郡，《史记·秦始皇本纪》载：“（秦始皇）二十五年，大兴兵，使王贲将，攻燕辽东，得燕王喜。还攻代，虏代王嘉。王翦遂定荆江南地；降越君，置会稽郡。……”
秦朝秦王政二十四年（前223年），秦灭楚。二十五年（前222年），秦将王翦“定荆江南地，降越君，置会稽郡”[1] 。此为会稽郡首见于史籍。会稽郡为战国时期越国故地，而吴（今苏州）为吴国及勾践灭吴后越国的都城，经济政治相对发达，因此秦时以吴县为治所（相当于首府）。前210年，秦始皇巡游至会稽郡南部属地，今绍兴的“大越”，将其改名为山阴。会稽郡初置时，领有吴、越两国之地，大致相当于今江苏长江以南、安徽东南、上海西部以及浙江北部。秦始皇二十六年（前221年），分天下为三十六郡，分会稽郡西部置故鄣郡，其辖境略同于汉代之丹阳郡，大致相当于今南京市、浙江西北一隅及安徽东南之地。

黔中郡：
《史记.苏秦传》载：“楚黔中郡，其故城在辰州西二十里，皆盘瓠之后也”，《元和郡县志.江南道六》载：“秦黔中郡故郡城在县（沅陵）西二十里”，《括地志》云：“黔中故城在辰州沅陵西二十里”。

闽中郡：
公元前221年，秦朝在统一六国以后，派军队向福建进军。第二年，在闽越人活动的区域设置了闽中郡 。当时秦王朝认为闽中远离中原，为“荒服之国”，地处偏远，山高路险。而且越人强悍，难于统治。因此，闽中郡虽为秦王朝的四十郡之一， 建制却不相同，秦并未派守尉令长到闽中来， 只是废去闽越王的王位，改用「 君长 」的名号让其继续统治该地。因此，秦只是名义上建立了闽中郡，实际上并未在闽中实施统治。
但是，为了加强对闽中的控制，秦王朝一方面把部分闽越族人迁移到现浙江省北部和安徽、江西等省境内；另一方面又把部分中原的人派到到闽中来。这一政策一方面造成了各个不同民族的互相融合，另一方面也形成了闽越族原本的文化和汉文化的互通交流。
汉高祖正式承认封无诸为闽王，封国闽越国，闽中郡的建置不再出现。

桂林郡：
秦桂林郡为秦始皇于岭南地区设置的桂林、南海、象郡三郡之一，初设于公元前214年，行政中心设于布山县（今桂平市西南），根据最新的资料也有可能在来宾市象州县罗秀镇的军田村。

象郡：
象郡是秦朝的郡级行政区，辖今广西西部、越南中北部，初设于公元前214年，是秦始皇在岭南地区设置的三郡之一（另两郡是桂林郡和南海郡）。