《药师经》中药师如来在过去世行菩萨道时，为救度众生而发十二大愿（或称十二上愿）如下：
1.愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界。以三十二大丈夫相、八十随形好庄严其身，令一 切有情，如我无异。
2.愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月，幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
3.愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
4.愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。
5.愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
6.愿我来世得菩提时，若诸有情其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚、盲聋喑哑、挛躃背偻、白癞颠狂种种病苦，闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
7.愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦，我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
8.愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身，闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
9.愿我来世得菩提时，令诸有情出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
10.愿我来世得菩提时，若诸有情王法所加，缚录鞭挞。系闭牢狱。工当刑戮及余无量灾难凌辱。悲愁前逼。身心受苦。若闻声名。以我福德威神力故皆得解脱一切忧苦。
11.愿我来世。得菩提时。若诸有情。饥渴所恼。 为求食故。造诸恶业。得闻我名。专念受持。我当天以上妙饮食饱足其身。后以法昧毕竟安乐。而建立之。
12.愿我来世得菩提时。若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼，若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服。亦得一切实庄严具。华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
1.愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界。以三十二大丈夫相、八十随形好庄严其身，令一 切有情，如我无异。
2.愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月，幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
3.愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
4.愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。
5.愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
6.愿我来世得菩提时，若诸有情其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚、盲聋喑哑、挛躃背偻、白癞颠狂种种病苦，闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
7.愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦，我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
8.愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身，闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
9.愿我来世得菩提时，令诸有情出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
10.愿我来世得菩提时，若诸有情王法所加，缚录鞭挞。系闭牢狱。工当刑戮及余无量灾难凌辱。悲愁前逼。身心受苦。若闻声名。以我福德威神力故皆得解脱一切忧苦。
11.愿我来世。得菩提时。若诸有情。饥渴所恼。 为求食故。造诸恶业。得闻我名。专念受持。我当天以上妙饮食饱足其身。后以法昧毕竟安乐。而建立之。
12.愿我来世得菩提时。若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼，若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服。亦得一切实庄严具。华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
