唐昭宗是由当时掌权的宦官杨复恭所拥立,所以根本没有实权。登帝位后,各藩镇趁着平定农民起兵的机会逐渐扩大。虽然昭宗曾图增强军备以增强中央朝廷的实力,在890年已招募到十万军队,但他贸然宣布西川节度使陈敬瑄、河东节度使李克用为叛逆予以讨伐,反被李克用击败,不得不恢复李克用官爵。而对西川的讨伐战则陷入僵局,昭宗因河东之败决定终止西川战事并恢复陈敬瑄官爵,但讨伐陈敬瑄的永平军节度使王建却抗命继续攻打,最终取代陈敬瑄成为西川节度使。
昭宗的举动也引起了藩镇的疑心。景福二年(893年),凤翔节度使李茂贞击败另一军阀山南西道节度使杨守亮后上表昭宗,求任山南西道节度使,期待兼领两镇。昭宗却想为朝廷收回一些领地,下诏任李茂贞为山南西道节度使和相邻的武定军节度使,而任中书侍郎宰相徐彦若为凤翔节度使。李茂贞失望,不奉诏。八月,昭宗命嗣覃王李嗣周率领新组建的三万禁军护送徐彦若就职。李茂贞与盟友静难节度使王行瑜调兵准备迎战,禁军望风溃逃,李、王兵临京城长安。宰相杜让能原本反对昭宗讨伐凤翔,昭宗不听,还专任他计划调度此战。李、王迫使昭宗赐死杜让能。昭宗也被迫召回徐彦若,同意李茂贞兼领凤翔和山南西道。后来昭宗让宗室诸王嗣延王李戒丕、李嗣周、通王李滋、仪王(唐昭宗兄,未详)、丹王李允、嗣韩王李克良、睦王李倚、韶王、彭王李惕、陈王、济王等十一人掌兵,愈发让李茂贞生疑,遂带头叛乱,兵至长安。昭宗出逃,本欲求助于李克用,派嗣延王李戒丕前往河东,但这时李克用无力相助。这时镇国节度使韩建表忠相请,昭宗君臣害怕长途跋涉,于是前往镇国军府华州。但韩建却控制昭宗,不让朝廷迎战李茂贞,还迫使昭宗解散宗室诸王的军队。李戒丕从河东归来后,显然李克用不能发兵勤王,于是韩建又以诬以谋反的方式,未经昭宗许可即将被罢去兵权的十一王杀死。898年,昭宗与李茂贞讲和复其官爵,宣武军节度使朱温又劝昭宗迁都洛阳,韩建和李茂贞担心朱温勤王救驾,就修复被李茂贞军烧毁的长安宫殿,昭宗才得以重返长安,但身边除了宦官控制的神策军外再无一兵一卒。
901年宦官韩全诲强迫昭宗投奔凤翔,朱温围攻凤翔。903年李茂贞杀韩全诲、张彦弘,跟朱温和解,送李晔回长安。这时唐朝公家已经名存实亡。李茂贞被朱温打败,但反而使朱温变成了最大的藩镇,并控制着昭宗。朱温为了灭亡唐朝,自己做皇帝,先杀掉皇宫所有宦官五千余人,朱温下令,派往各军区担任监军的宦官