水军也称楼船士，是秦代武装力量的组成部分，其数量仅次于步兵，远远超过车兵和骑兵。统一前秦的水军主要建于巴蜀地区，统一后广建于江南各地，因而规模十分宏大。水军的战船主要区分为大型的楼船和轻捷的艨艟、斗舰等两类，以利水上作战时大、小部队及轻、重战舰之间互相配合。水军的武器装备齐全，除水战特用的钩拒等武器外，凡陆地上作战使用的弓弩、长短兵器、火攻用具等无不皆备。水上战斗时远则以矢弩交射；近则以钩拒、五兵进行攻守格斗，实施猛烈的冲角战和船舷战；一旦有机可乘，便施以火攻。水军不仅仅担负水上作战的任务，它实际上是江南水泽地域的综合性兵种，除水上战斗外，登岸野战、攻城守险等无所不能，战于水上则相当于车、骑，战于陆上则相当于步兵。例如，南平百越时动员楼船士五十万，既完成了水上作战任务，也完成了陆上作战任务，对开拓和统一岭南广大地区发挥了重大的作用。秦始皇第五次出巡天下时，曾一度在水军的护卫下，长途航行于海上，并亲手以弩射杀巨鱼。这说明秦代的水军已经具有海上作战的能力，有效地控制着东部沿海的海防。