第一部完封不动。
第二部剧情为双主角模式，鸣人为明线，佐助为暗线，晓为BOSS，佩恩为第二部最终boss，带土，斑，六道十尾之力为第三部故事。鸣人为明线，以拳头追求认可，拒绝嘴遁，带着十二小强，逐一造访五大忍村最终实现忍届同盟。佐助为暗线，通过不断解读六道遗留的宇智波和漩涡的线索挖掘忍者世界的最终根源，以香菱重吾水月三人各自故事去带动参与各个事件中。章节设置基本为一大章一小章，所有战斗结果和死亡结果基本遵从原著。避免各种升级过快，反派配角多次登场发挥余热，帮岸本各种填坑。
沙之守鹤争夺篇
1我爱罗为保护沙之国被迪达拉抓走，勘九郎追击，千鹤奶奶，卡卡西班救援。（同原著）2千鹤奶奶，樱，勘九郎与蝎战成平局，沙之国全体忍者抵达，蝎看到砂之国对我爱罗的爱，以及勘九郎不惜命的守护，决定将自己的生命用特殊的傀儡术转移给我爱罗，将躯体作为傀儡送于勘九郎，选择守护砂之国。勘九郎成为接替千鹤奶奶成为砂之国大祭司。（蝎之死，填坑。）3迪达拉被卡卡西神威断臂逃脱，带土替补，一尾顺利剥离。至此晓组织收获4,3,2,1尾。（设定在火影第一部和空白三年时间内晓正在收集432尾，并按4321，5678最后9尾顺序收集，以解释不先对鸣人出手，和丰富第二部剧情）