在整个组培实验中，难度较高的在于外植体清洗与消毒。
野外采集的外植体，表面附着各种微生物以及微尘等，清洗时需要耐心的清洗。还有的外植体表面生长绒毛，因此清洗时更加花费时间。
外植体消毒，第一步是用酒精消毒，由于酒精能是蛋白质变性的特性，所以酒精处理时间不能太长也不能太短，时间太长外植体受伤严重降低其生长活力；时间太短则消毒的效果不好。第二步进一步消毒，一般用的较多的是次氯酸钠和氯化汞。氯化汞毒性较大，操作起来不方便，因此更常用次氯酸钠。但是次氯酸钠易分解因此需现用现配，同时把握好消毒时间。如果在操作后发现还是被污染了，这也是有应对方法的。以后会提及如何处理。