实验室工作流程优化与实验室整体与局部的布局相关，同时与实验室的硬件与软件条件也有着密切联系。除了布局的优化和仪器设备的摆放位置的设计外，可以采用一些先进的实验室管理软件，协助实验室工作人员优化实验过程，从而达到提高工作效率，减少实验过程中人为因素对实验结果的影响。
另外，完善的实验室管理制度，也是影响实验室工作流程的重要因素。