天启三年（1623），毛文龙鉴于辽东的金州地势险要，南可通旅顺口，北可通三牛坝，西可通广宁，向东可以收复失地，如果据有这座城池，那么陆路能够遏制后金骑兵的南下，海路能够前往登州运粮，还可以同皮岛构成犄角之势。于是，率领部将张盘拿下金州，命张盘驻守此地，自己仍旧退回皮岛。朝廷因此提升毛文龙为左都督，挂将军印，赏赐尚方宝剑。不仅认可他镇守皮岛的事实，而且予以嘉奖，希望他在牵制后金军队方面发挥作用。
　　当时朝廷上下都认为毛文龙在海外有牵制后金军队的功劳，兵部的估价是：毛文龙要消灭后金显然力量不足，但是要牵制后金则绰绰有余。工科给事中杨所修说得更为明确：自从后金猖狂以来，毛文龙是孤撑海上的唯一力量，经常在后金的肘腋间撩动、牵制。后金军队没有离开老寨，不时前往攻掠；后金军队离开老寨窥探边关时，乘机捣袭，断绝它的后路。这就是毛文龙控制皮岛、金州的战略价值。因此皇帝朱由校在谕旨中，多次嘉奖他：“多方牵制，使奴狼狈，而不敢西顾，惟尔是赖。”在派遣内官监太监、御马监太监前往朝鲜册封国王李倧时，皇帝特地命他们转道前往皮岛，赏赐毛文龙蟒衣、银两，表示朝廷并没有忘记这位孤守海外的将军。

“将江山而快私忿，操戈矛于同室”

袁崇焕执掌辽东军政大权后，他的头衔是：督师蓟辽兼督登莱天津军务，毫无疑问，皮岛、金州的毛文龙应该在他的节制之下。然而，毛文龙拥有先帝赏赐的尚方宝剑，可以便宜行事，使他感到比较棘手。他早就听说毛文龙在海外多年，成为不受地方官节制的割据势力，因此确定了对付毛文龙的态度：可用则用之，不可用则除之。基本的倾向是想方设法除掉这个割据势力。
　　他的第一招，就是试图从经济来源上卡住毛文龙，迫使他就范，以显示钦差督师的下马威。他宣布在辽东半岛、山东半岛实行海禁政策，不许登州船只出海，凡是运往皮岛的物资，一律先运至宁远附近的觉华岛（菊花岛）由督师衙门登记挂号，才可以经由旅顺口运至皮岛。这一举措，无疑是把皮岛的经济命脉置于督师衙门的控制之下，不仅限制了毛文龙粮饷、装备的供给渠道，而且切断了他的海上贸易路线，是非常致命的一击。毛文龙立即向皇帝申诉：长期受到诽谤，早已心如死灰。不料，袁督师竟然封锁登州沿岸，不许一船出海，以致客商船只不敢前来。故而部下士兵惊惶地说：这是拦喉切我一刀。毛文龙礼单大明王朝的最后十七年毛文龙借用士兵之口，说出了他的心里话：“拦喉切我一刀。”或许有一点夸张，毕竟点到了要害，道出了袁督师对毛将军的基本态度。由于皇帝正对袁崇焕“五年复辽”寄予厚望，不便对他的举措表示异议。毛文龙见皇帝没有表态，再呈上一本奏疏，倾诉他在海外苦苦支撑的苦衷：臣受命九年，一直受到误解。是为了冒领军饷？是为了贪图金钱？都不是，只不过是为了恢复辽东国土。臣一介末弁，孤处天涯，对于是非曲直、生死命运早已置之度外，不想争辩。实在是朝廷大臣对我有偏见，他们只考虑怎么除掉我，而不考虑怎么消灭敌人。毛文龙把这种状况概括为一句话：“将江山而快私忿，操戈矛于同室”——为了发泄私忿，而置国家江山于不顾，同室操戈。
　　“将江山而快私忿，操戈矛于同室”，此时此地的毛文龙，真切地感受到同室操戈的威胁，是真实心态的流露，而并非耸人听闻，因为他已经离死期不远了。真是一语成谶，不幸而言中。

朱由检作为皇帝，处于袁、毛之间，左右为难，他支持袁崇焕“五年复辽”的大计，也理解毛文龙孤撑海外的苦衷，不想厚此薄彼，更不想由于支持毛文龙而破坏袁崇焕“五年复辽”的计划。所以他对于毛的奏疏只是淡淡地答复：“军中一切事宜，当从长商榷。”他万万没有料到，不久毛文龙就被袁督师处死，再也无法“从长商榷”了。如果当时他明确地批评袁而支持毛，也许这场同室操戈的悲剧可以避免。
　　袁督师处死毛文龙以后，在给皇帝的报告中透露：“自去年十二月，臣安排已定，文龙有死无生矣。”表明他一上任就决心处死毛文龙。当他还没有离京时，内阁大学士钱龙锡到他的寓所商谈辽东事宜，袁崇焕明确地回答：先从皮岛做起，也就是“入其军，斩其帅”——在毛文龙的驻地处死毛文龙。能够阻止这一行动的只有皇帝，但朱由检并没有支持毛文龙，悲剧不可避免地发生了。袁崇焕也知道，皇帝是优容毛文龙的，所以他凭借钦差大臣的身份，手中握有尚方宝剑，可以便宜从事，以先斩后奏的方式处死毛文龙。

袁崇焕所说“安排已定，文龙有死无生”，是经过周密策划的。进士出身的袁督师，毕竟比行伍出身的毛将军精于算度，工于心计，他精心策划了圈套，让毛文龙来钻。为了麻痹对方，他请户部先凑发十万两军饷，缓解毛部的怨气。到了崇祯元年（1628）十二月，计划大体安排妥当，“文龙有死无生”已成定局。当毛文龙派人向督师衙门索饷时，袁督师佯装不知，故意在大庭广众之间说：文官不肯体恤武官，成何体统！于是把天津运来的粮饷拨十船给皮岛，还随船带去犒赏银两、猪羊酒面之类。日后袁督师自己声称：这些做法都是愚弄对方的，毛文龙果然中计了。
　　毛将军到底是一介武夫，至死都没有识破督师大人算计他的谋略，还特地赶到宁远去参见督师大人。袁督师并没有在宁远的督师行辕处死毛文龙，是考虑到毛的部下没有亲眼目睹，如果激发事变，将不可收拾。他决定深入海岛，到穴中擒虎，也就是他所说的“入其军，斩其帅”。就是这次会面，他与毛文龙商定，在旅顺口外的双岛再次会面，同时检阅毛部将士。
　　这是袁崇焕的精心策划，他决定在双岛出其不意地逮捕毛文龙，立即处死。毛文龙完全被蒙在鼓里，毫无察觉。
　　先斩后奏，袁崇焕处死毛文龙

崇祯二年（1629）五月二十五日，袁崇焕从宁远出发，二十九日抵达旅顺口外的双岛。毛文龙于三十日夜间从皮岛赶来。六月初一日，毛文龙前往督师船上拜谒，送上礼品，表示欢迎督师前来视察。过后不久，袁崇焕来到毛文龙的营帐回拜。寒暄过后，督师大人试探道：辽东海外只有你我两人，必须同舟共济方可成功，我从海上历险来到此地，想和你商量进取大计。毛文龙随口答应：如果钱粮充足，你我相互帮助，要取得成功，并不是难事。起身告辞前，袁对毛说，船上不便设宴，想借用你的营帐设宴。毛礼貌而恭敬地答应了，他丝毫没有察觉有什么异样动态。
　　六月初三日，袁督师登上双岛，毛将军率领将士列队欢迎。进入帐篷后，两人密谈到三更。第二天，毛将军设宴为督师大人接风。宴会后，两人又密谈至深夜。谈话的内容，不得而知，只能从袁崇焕事后给皇帝的奏报中了解一个大概。

袁试探道：你久劳边塞，为何不回老家杭州，在西湖享受乐趣？
　　毛顺势应答：我早有此心，但只有我知道消灭后金的诀窍……
　　袁打断他的话：朝廷有人代劳，不必借重你的远征。
　　毛针锋相对：此处谁能代替得了？
　　看似闲聊，已隐约闻到些许火药味，袁督师要毛将军告老还乡，毛则反唇相讥，此地舍我其谁？
　　袁赶紧调换话题，缓解气氛，说要赏赐毛部官兵每人银一两、米一石、布一匹，请毛拿出他的将士花名册。毛不愿意亮出家底，建议随他前来双岛的三千五百人明日领赏。

青史凭谁定是非

对于朱由检而言，实在是不得已而为之。他已经把辽事全权托付给了袁崇焕，只要能够实现“五年复辽”大计，一切都可以便宜从事，处死跋扈的毛文龙当然难以问罪。
　　对于袁崇焕而言，处死毛文龙，可以说是一大错误，于己于国都是弊大于利。
　　从自身考虑，他在处死毛文龙之前曾经发誓：我如果不能恢复辽东，愿意先试尚方宝剑以谢罪；在给皇帝的奏疏中也说：臣如果不能五年复辽，请求皇上将臣处死。这就把自己逼上了绝路，如果不能实现五年复辽的诺言，那么日后的下场也许比毛文龙更惨。正如谈迁在《国榷》中所说，袁崇焕杀毛文龙，“适所以自杀也”。
　　从国家考虑，临敌斩帅乃兵家大忌，涣散军心，削弱牵制后金的犄角之势，使皇太极消除了后顾之忧，坐收渔翁之利。这一切不幸而被毛文龙所言中：“将江山而快私忿，操戈矛于同室。”令人惊讶的是，袁崇焕在杀了毛文龙之后也流露出同样的心情，在归途中赋诗一首，不加掩饰地抒发了“同室操戈”的遗憾，其中有这样的句子：“边衅久开终是定，室戈方操几时休。”

诚然，毛文龙确有问题，比如飞扬跋扈、不听节制、虚冒军饷等。但是他在皮岛和辽东有着不可替代的牵制作用，从全局考量，是不应当处死的。他是后金军队南下骚扰的最大后顾之忧，似乎是有识之士的共识。负责监督兵部的兵科都给事中张鹏云，在读了袁崇焕斩毛文龙的奏疏后，发表评论，在表示赞赏的同时，也不得不承认，毛文龙所在的皮岛，离开后金八百里，固守根本不成问题，牵制敌人有点遥不可及；但是他所控制的旅顺、金州等地，地势险要，距离宁远又近，屯重兵于此，平时可以壮大声势，战时可以深入虎穴，已经无可奈何地认可毛文龙的辖区有牵制后金军队的战略作用。兵科给事中宋鸣梧也指出，兵法强调用犄角之势牵制敌人，如果运用得当，可以使后金“首尾狼狈”。即使袁崇焕本人也明白这一点，他说：毛文龙的东江（皮岛）一镇，“乃牵制之必资也”——是牵制敌人必须依靠的力量。

有鉴于此，后金始终把毛文龙看作眼中钉肉中刺，屡次派兵征剿难以奏效，试图招降也没有成功。皇太极无法做到的事情，袁崇焕帮他做到了，这就叫做“亲者痛而仇者快”。
　　以后的历史以惨痛的事实证明了这点。毛文龙被杀的直接后果，就是后金兵临北京城下的“己巳之变”。这一事件从反面证明，毛文龙的牵制作用一旦解除，后金就可以肆无忌惮地长驱南下。袁崇焕因此而被捕入狱后，官员们纷纷评论。有的人指出：毛文龙的部将有背叛迹象，不胜惊忧，海岛一旦落入敌人之手，足以成为明朝的大患，可以四处出击。有的人因为毛文龙部将哗变，指责袁崇焕是假公济私，当务之急是尽快把在京城的毛文龙之子毛承禄派去安抚。

但是为时已晚。毛文龙的部将孔有德、耿仲明等，在登州发动武装叛乱，几乎所向披靡，酿成山东大乱。它以一种讽刺意味向人们表明，毛文龙的军队，并非袁崇焕所说的那样只会冒饷不会打仗。不久，孔、耿率部投降皇太极，日后成为南下征战中一支相当有杀伤力的部队。当然，孔、耿的叛变责由自负，但是袁崇焕处死毛文龙，起到了为渊驱鱼、为丛驱雀的作用，是不可否认的。

几百年以后，历史学家谈起袁崇焕杀毛文龙这桩公案，意见十分分歧。
　　明清史前辈学者李光焘在1940年代撰写的长篇论文《毛文龙酿乱东江本末》，探幽索微，清理毛文龙史迹，为后人研究这一段历史扑朔迷离的史事奠定了坚实的基础。但是，他不知出于何种考虑，把毛文龙在东江（皮岛）的作用全盘否定，把他说得一无是处，死有余辜。这种毫无回旋余地的过于偏激的结论，与他的论文风格显得格格不入，令人费解。
　　无独有偶，1980年代研究袁崇焕的专家阎崇年，在《袁崇焕“斩帅”辨》中，从推崇袁崇焕为“民族英雄”的立场出发，为他处死毛文龙百般辩护，极力证明他杀毛文龙“一无错处”。用心颇为良苦，可惜过于感情用事，难以令人信服。
　　相隔四十年，一个说毛文龙“一无是处”，一个说袁崇焕杀毛文龙“一无错处”，何其相似乃尔！
　　1990年，尹韵公《袁崇焕诛毛文龙考》，对上述看法提出商榷，他援引辽东封疆大吏王在晋的话，来证明自己的观点：袁崇焕杀毛文龙，实际上是帮助后金消除“肘腋之患”；如果不杀毛文龙，后金“必不敢长驱而入犯”。我以为，尹韵公的观点，更加接近历史的本来面目。
　　德国近代历史学家兰克说，历史叙述应当是客观的、冷静的、无色彩的。这是我们的准绳，也就是说，应该不带任何偏见地恢复历史的真相。我无意为毛文龙翻案，只不过想把毛文龙之死的真相告诉读者。

己巳之变与袁崇焕的悲剧
(1)己巳之变
袁崇焕杀毛文龙，为后金军队大举南下解除了后顾之忧，他的直接后果，就是导致敌军越过长城、围困北京的己巳之变（按：崇祯二年是己巳年）。
　　崇祯初年，北方边防形势颇为吃紧，既要对付辽东的后金，又要对付漠南的蒙古。因为这个缘故，朱由检在任命袁崇焕为蓟辽督师的同时，根据袁崇焕的推荐，任命三朝元老王象乾以兵部尚书兼都察院右都御史，督师宣府、大同一线，抵御漠南蒙古。并且要求他们二人共同协调边防大计。
　　王、袁二督师面议的结果，不谋而合，主张是一致的，那就是“抚西以拒东”，可谓英雄所见略同。所谓“抚西以拒东”，意思是，在西面用招抚的手段对付蒙古，集中力量抗拒东面的后金。可惜的是，这一方略并未奏效。因为皇太极深知漠南蒙古地位的重要，极力拉拢，又是联姻，又是盟誓，又是封赏，力图获得同盟军，为他的南下寻找突破口。事实上，迹象已经十分明显，漠南蒙古勾结后金，为后金提供通道，成为不可忽视的隐患。
　　辽东明军内部同室操戈，袁崇焕杀毛文龙，为皇太极发兵南下提供了一个极佳时机。

这显然是袁崇焕没有料到的，十一月初五日，他亲自率领部队增援，并且把部署情况报告朝廷：由总兵朱梅、副总兵徐敷教守山海关，参将杨春守永平，游击满库守迁安，都司刘振华守建昌，参将邹宗武守丰润，游击蔡裕守玉田，昌平总兵尤世威保护帝王陵寝，宣府总兵侯世禄守三河，保定总兵曹鸣雷、辽东总兵祖大寿守蓟州。袁崇焕自己居中调度。
　　十一月初十日，刚进入内阁的大学士成基命鉴于形势严峻，向皇帝推荐孙承宗为兵部尚书兼中极殿大学士，督理兵马钱粮，驻扎通州，确保京师安全。朱由检召见孙承宗，磋商京师防务大计。孙承宗是老资格的军事家，认为袁崇焕过于收缩于京师外围，是消极防守，他主张布防于蓟州、顺义、三河一线，而不赞成退守昌平、通州一线。因为三河位于蓟州与通州之间，守住三河，就可以挫败敌军进犯通州逼近北京的企图；也可以防止敌军南下香河、武清，包抄北京的南翼。