生产企业已申报办理退（免）税的出口货物，跨年度依照规定应当适用征收增值税政策而补缴免抵退税额的，生产企业应当按照补缴的免抵退税额红字贷记“应交税费——应交增值税（出口退税）”科目，贷记“银行存款”等科目；将以前申报的免抵退税不得免征和抵扣税额冲回，贷记“以前年度损益”等科目，红字贷记“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目；计提销项税额，借记“以前年度损益”等科目，贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目。
对适用征收增值税政策的出口销售额，生产企业应在增值税申报表上用负数填写第七栏“免抵退办法出口货物销售额”，同时在第一栏“按适用税率征税货物及劳务销售额”和第二栏“其中：应税货物销售额”填写；对计提的销项税额，生产企业应当在增值税申报表第十一栏“销项税额”栏目填写，同时在增值税纳税申报表附列资料（表一）第三栏“开具普通发票”填写；对补缴的免抵退税额，生产企业应当用负数填列第十五栏“免抵退货物应退税额”；对转回的免抵退税不得免征和抵扣税额，生产企业应当用负数填列在增值税纳税申报表附列资料（表二本期进项税额明细）第十八栏“免抵退税办法出口货物不得抵扣进项税额”。