开更

随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及柯南的协助下几次阻止了其活动，黑暗组织决定报复。 黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工藤新一独自前往营救的暗示。在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团……

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兰赶到现场，正碰到Gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白后Gin开枪，兰替柯南挡下子。哀震惊不已……

兰仍昏迷不醒，大夫说若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南只好如此。而柯南变身时被布美看到。深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守新一的秘密。兰终于在新一的悉心照料下康复。由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道科南是新一而故意不说破的真相。夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自己和柯南的照片垂泪……

这是柯南的最终结局，收录于名侦探柯南大电影之中。本以福尔摩斯式推理能力而声名大噪的高中生侦探工滕新一,在一次追踪线索时,被歹徒强行灌进不知名的药物,一夜之间变成了一个小孩,为了查出犯罪组织及回复正常,新一化名为江户川柯南,投靠女友小兰和她的神探父亲,而展开一幕幕的辑凶斗智。