这与患者病情类型,BMT时机选择，机体脏器功能,自身免疫反应,移植过程的并发症及供髓者与患者的基因位点匹配相符率,移植医院的综合水平又有相当关系. 目前骨髓移植真正移植成功率新闻媒体报告在50%左右,但医学界认可在33%左右.即1/3,1/3,1/3 观点：1/3患者在移植中失败;1/3在移植后半年内复发;1/3患者获得移植成功.
急性血白血病
骨髓移植较普通化疗的优越性在急性白血病得以充分体现，这种疗法可使急性白血病患者的无病生存率显著提高。据Fred Hutchinson癌症研究中心与IBMTR的大宗病例分析，AML在第一次缓解接受ALLo-BMT后，3年无病生存率可达50%左右；而同期化疗病人的3年无病生存率仅18－27% 。
慢性粒细胞白血病
异基因骨髓移植(BMT)是目前可以根治慢性粒细胞白血病的唯一手段,处于慢性期的CML患者接受异基因骨髓移植后,5年无病存活率可达60-90%。国内统计结果为:慢性期的CML患者接受HLA配型相同的同胞异基因骨髓移植,长期无病生存率为80%,进入加速期或急变期的CML患者,异基因疗效不如慢性期患者。
恶性淋巴瘤
首先考虑进行自体骨髓移植。
多发性骨髓瘤
以往认为MM患者不适宜进行BMT,随着支持治疗的进步及青年患者的出现,BMT治疗MM成功的病例已渐增加,据IBMTR和欧洲骨髓移植处和Ferd Hutchsin癌症研究中心资料,全世界共约150例MM患者接受骨髓移植,第一次缓解期接受BMT者3年无病存活率达69%。
骨髓增生异常综合征
（MDS） BMT治疗MDS使患者3年无病生存率可接近50%,相当一部分可获根治,尤其是年轻患者早期接受BMT可获更佳疗效。
重型再障
（SAA） 是非肿瘤性疾病中接受BMT最多的疾病.若患者未输过血性行BMT,则长期存活 率可达80%.
其他
遗传性免疫缺陷病，珠蛋白生成障碍性贫血等。