2050年，地球上出现了许多变异体，丧尸。世界一瞬间变成了末世，人类陷入了极大的危机。
2053年，由死神凋婷教导的一批异能者以付出十分之九的人的生命为代价，拯救了这个世界。
可惜，好景不长。
4017年，人类的母星地球以及殖民星球，在几天内被不明“T物质”侵袭，全部失守。为了生存，仅存的人类把几颗小行星建立成了方舟太空母船，开始在太空流浪。这是新纪元的开始。
故事的发生地是方舟2号莱格斯科号。肩负延续人类文明的重任，莱格斯科号决定利用克隆技术和基因优化来培育新一代人类。
4044年，莱可利亚学院建立，它负责培育不同技能的新人类。
4045年，学校开学，游戏开场。
一批15岁左右的孩子被集结起来，他们当中既有热血少年，也有乖巧少女；既有尊贵的新人类，也有秘密出生的人造人。
作为学院的一员，我们被通知将要入学开始新的生活，在电子宠物的协助下，我们会开始探索方舟及宇宙，并通过做任务获得灵点，用灵点升级自己的技能和身体强度。和别人组团一同与“T物质”战斗，一起守护宇宙流亡中人类最后的火种。