现在去日本读研保证金是多少呢

老是觉得这个名词很别扭。
国公立大学的研究生，5w人民币加就可以。大学院生的话10w就可以。私立大学一般在15万左右。
没有规定必须如何。有的研究生甚至都不需要银行存款证明。看代理人的要求。

奥 那是要看中介吗

不是看中介，俺说的代理人是指取得入学许可后。代理为你申请在留资格的人，比如大学、比如导师等。