战役
兵临城下
南梁军因主帅逃跑而自乱阵脚，北魏军看准时机，大军一路往南，绵延四十余城，在攻陷马头（今安徽蒙城）后，大军来到由昌义之所驻守的钟离城，并与杨大眼军会合，兵力达数十万之众。反观钟离城内仅有守军三千人，双方实力悬殊。北魏宣武帝本欲命邢峦军也参加攻城行动，但邢峦认为钟离城周围有淮水屏障，是易守难攻的天险之地，大军应当绕击他处，此议遭宣武帝否决，遂让镇东将军萧宝寅接替邢峦的位置，与元英合攻钟离城。
钟离城因北临淮水，不利进攻，北魏便在位于淮水中的邵阳洲两岸搭起了连接淮水南北两岸的跨河长桥。元英驻军南岸，负责攻城；杨大眼据北岸，负责粮运补给，萧宝寅则确保桥梁本身的畅通与安全。北魏军以车子载运大量泥土，欲填平围绕钟离城四周的沟堑，并利用冲车撞击城壁，再以车轮战法连续猛攻，但却遭到城内守军顽强的反击，而昌义之亦及时以泥土敷填损坏的城壁，导致魏军死伤上万仍无法占上风，战况遂渐趋于胶着。
邵阳一夜营
另一方面，驻扎于合肥的韦睿军在接获消息后，立刻火速发兵，通过钟离城西南方的阴陵大泽，与驻扎于道人洲的曹景宗会合，乘夜抵达邵阳洲另一端。全军在南梁太守冯道根的规划下，仅花一夜时间，便筑起营垒，与魏营相距仅百余步（不足200米），元英大感惊异，亦深深撼动了魏军的士气。同时曹景宗派人潜渡淮水，通知钟离守军援兵已到，众人接获此报，尽皆士气大振。虽然杨大眼与元英先后针对邵阳洲上的梁军主营发动攻势，但皆被韦睿的巧妙战术所击退，杨大眼还因此负伤。
赵草城
战争期间，梁军每派牧人至淮水北岸割运粮草，皆被驻于北岸的杨大眼军派兵掳掠，曹景宗便派出千余人在北岸修筑城垒，与魏军相峙，指派部将赵草据守此城，因称之为赵草城。赵草城除了确保梁军粮草无虞外，也等于间接切断了魏军的补给通道。
水火夹攻
梁武帝接获战报后，指示韦、曹二人乘坐战舰对两座桥梁发动火攻之计。天监六年（507年）三月，淮水暴涨达七尺，韦睿以冯道根、裴邃、李文钊等乘机以水军对魏军发动攻势，并亲自用载满油料和草料的小船焚毁了两座桥梁，魏军顿时溃败，元英与杨大眼各自奔逃，魏军投水而死者及被杀者各达十余万，昌义之见状亦率兵冲出钟离城，追击败退的魏军，生擒五万人。魏军阵亡将士遍布淮水百余里，而元英仅以身免，逃至梁城。

结果
南梁大获全胜，而北魏军几乎全军覆没，但元英、杨大眼及萧宝寅三人皆得以幸免。三人回国后，有官员建议将三人处以极刑，但宣武帝免除三人死罪，只剥夺元英及萧宝寅的爵位，贬为平民，杨大眼则流放至营州充军。但不久后宣武帝为对付国内叛乱及对南朝用兵，先后恢复了三人的官爵。

影响
钟离之战是北魏对南朝所有军事行动中受挫最大，也是影响最为深远的一次，损害北魏国力甚巨。此后国内民变加剧，政局更加衰败。受繁重徭役及赋税压迫的人民不是亡命山林，便是依附豪强，或出家为僧，导致国内僧满为患，除了对国家发展有负面影响，也造成社会动荡不安，宣武帝一朝的民变中，有四次就是由僧侣所主导的。这些日益恶化的因素，最终导致国家的分裂。
而此战对南梁甚至整个南朝历史来说，是一次空前的大胜利，是“南北交战以来所未有之大捷”，显示南北朝的实力对比已发生改变，北魏开始走下坡。不过，南梁虽保有相对的安定，但梁武帝却始终不放弃北伐的念头，连年用兵而削弱国力，为日后侯景之乱种下远因。

派生作品
日本作家田中芳树的长篇历史小说《奔流》，便是以钟离之战的背景为基础，加入了民间故事“梁祝”所敷演而成。值得一提的是，这部作品的主人公是南梁名将陈庆之，但根据历史记载，陈庆之显然未参加钟离之战，而是在日后的占领洛阳一役中发挥其军事才能；另外，小说中杨大眼之妻潘宝珠（此为虚构人名，但杨大眼之妻真有其人，史籍仅载其名为“潘氏”，人称“潘将军”）亦加入此战，但这部份亦缺乏史料记载。

呵^_^韦睿威武呀，元英都怕他。

不畏萧娘与吕姥，但畏合肥有韦虎，合肥人民发来贺电

昌义之甚吊