楼主,是这样的,自秦始皇以后(秦始皇以前,其他人也可用朕,如:屈原在《离骚》一书中,开头说:“帝高阳之苗裔兮,朕皇考曰伯庸”。),皇帝都自称朕,侯、王自称孤,无论何时,不管皇帝掌握的实权如何,不管王侯将相又有如何大的势力,规矩是始终不能乱的,皇帝自称朕,刘备、曹操等自称孤,这是最起码的封建礼仪的约束,无论谁,再厉害也不敢冒天下之大不为。
至于楼主所说的小说里汉献帝自称孤,请注意当时他的身份地位,在他登基以前,他是王,自称孤很正常,但是如果他是在登基以后,那就应该是小说的作者出错了,毕竟这只是小说,切不可以此为真正历史,比如我们要想读真正的三国历史最好读《三国志》,而不是《三国演义》。
希望我的回答可以帮助你,以上均是个人见解,如有错误之处,请指出,谢谢!