“竖三世”的“世”指因果轮回迁流不断的个体一生中存在的时间。三世指过去(前世、前生)、现生(现世、现生)、未来(来世、来生)三世。正中为现在佛，即释迦牟尼佛；左侧为过去佛，即燃灯佛，佛经说他生时身边一切光明如灯，亦说释迦未成佛时，燃灯佛曾为他“授记”，预言将来成佛的事；右侧为未来佛，即弥勒佛，佛经讲他将继承释迦的佛位而成佛，所以叫未来佛。

也有寺庙供“三身佛”，“三身”指三种佛身。中尊为“法身佛”名“毗卢遮那佛”，指体现了佛法的佛本身；左尊为“报身佛”，名“卢舍那佛”，指经过修习而获得佛果之身；右尊为“应身佛”，即是释迦牟尼佛，指佛为度脱世间众生需要而现之身，特指释迦的生身。

“三世佛”有两种说法，一种是依“三世”原本的时间意义而划分的过去佛、现在佛与未来佛，而另一种是按地域划分势力范围，此三世佛是指东方净琉璃世界的药师佛，娑婆世界的释迦牟尼佛，西方极乐世界的阿弥陀佛。前一种三世佛称为竖三世佛，后者为横三世佛。

药师佛有在大雄宝殿与释迦、弥陀合供的，但其造型异常接近。一般正中为释迦佛，左右胁侍分别是文殊、普贤三菩萨大殿；左侧为药师佛，其左右胁侍为日光、月光菩萨；右侧为阿弥陀佛，左右胁侍为观世音、大势至菩萨。另外，三佛的手印也有些不同，药师佛常作一手持钵状，表甘露；另一手持药丸。弥陀佛常作两手相托或两手交*，两大指对顶的手印，有的掌中有莲台。此系接引众生的姿势。而释迦佛的立像则为左手“与愿印”，右手“施无畏印”。

除三世佛合供以外，还有专门的“药师殿”、“药王殿”。殿内正中为“药师三尊”，即药师佛及其胁侍日光菩萨与月光菩萨。有的两旁还列有药师十二神将，又叫十二药*大将，皆为顶戴盔甲的武将形象，他们每人各率七千眷属。十二药*将正好是顺应药师佛的十二大愿而呈现的药师分身。在中国佛教的信仰体系中，十二药*将逐渐与中国的十二地支配伍，成为十二时辰护法神，其形象也都与我国民间流传的十二生肖有关。如毗羯罗带猪冠，招杜罗带狗冠，一直到最初的宫毗罗带鼠冠。十二药*的名称、身色、所持兵器及与时辰的配合如下：

药师如来本身，据《药师念诵仪轨》讲，药师佛“左手持药器，名无价珠，右手结定印，身披袈裟，结跏趺坐，安坐于莲台上”。药师如来也有以文殊师利、观音、势至、宝檀华、无尽意、药王、药上、弥勒等菩萨为其侍者的。
药王菩萨，隋代嘉祥大师疏《法华经》时说：“药王者，过去世以药救病，因以为名。”据《观药王药上两菩萨经》讲，药王菩萨与药上菩萨本是一对兄弟，一名星宿光，一名电光明，他们在过去世因以各种草药供养诸比丘众，所以被大众赞为药王和药上。后来他们还得到释迦佛的授记，要在将来世修道成佛。另据《法华经》的《药王菩萨本事品》记，药王菩萨曾以香油涂身，燃臂供佛，因此他也是护持《法华经》的诸大菩萨之一。药王菩萨的形象，唐不空所译《法华曼荼罗威仪形色法经》中记，顶戴宝冠，身披天衣及各种美妙华鬘，绀发垂耳，以璎珞、环钏为饰，以细锦为腰巾、赤绫为带，相好庄严，身光遍耀。左手定拳着膝，右手慧云上日，结跏趺坐于宝莲台上。民间常常把药师琉璃光佛与药王菩萨的本体相混淆。

药师佛的左右胁侍更常见的当然是日光菩萨和月光菩萨。日光菩萨全称为日光遍照菩萨，据唐玄奘翻译的《药师如来本愿经》中说，药师如来国土中“有二菩萨摩诃萨，一名日光遍照，二名月光遍照，是彼无量无数菩萨众之上首”。单独出现的日光菩萨像并不多见，常常是与月光菩萨、药师佛构成一佛二菩萨的格局。这时的日光菩萨像一般为身披天衣，头戴宝冠；或手持莲花，莲上有象征太阳的日轮。也有以手托日轮的。在密教中，日光菩萨被置于胎藏界曼荼罗内，这时他的密号为威德金刚。其形相为身肉色，菩萨形，左手执宝幢，右手结与愿印，坐于赤色莲花上。月光菩萨是药师佛的另一胁侍，全称月光遍照菩萨。单独出现的月光菩萨像也不多。而作为胁侍菩萨，与释迦佛的胁侍文殊、普贤，阿弥陀佛的胁侍观音、势至几乎没有什么大的区别，只是手中持物略有不同。月光菩萨手持带有半月的青莲华，或是手托一轮明月。在密教的金刚界曼荼罗内，他密号为清凉金刚。这时月光菩萨的形象为身白色，左手作拳安于腰边，右手持莲，上有半月。在胎藏界内的月光菩萨，其形相是身黄色的童子形，左手持附有半月的细叶莲花。